计算化学公社

标题: VMD计算蛋白周围的水分子的分布的脚本运行求助 [打印本页]

作者
Author: Adore 时间: 2024-2-27 21:03
标题: VMD计算蛋白周围的水分子的分布的脚本运行求助
利用脚本在VMD中计算蛋白周围的水分子的分布，但是出来的数据只有一行，这是为什么呢。已经将gro和xtc文件载入VMD中，下面是脚本的内容:
set numFrame [molinfo top get numframes]
set outfile [open water-number.dat w ]
for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
set sel [atomselect top "water and name OW and within 3 of protein"]
$sel frame $i
$sel update
set molnum [$sel num]

puts $outfile "$i $molnum"
}
close $outfile

是否是因为轨迹文件未成功载入呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-28 05:37
载入成功没有，在VMD里播放轨迹一看便知

作者
Author: Adore 时间: 2024-2-28 08:29

sobereva 发表于 2024-2-28 05:37
载入成功没有，在VMD里播放轨迹一看便知

老师，我的轨迹没有载入成功，不知道如何能把gromacs中的轨迹文件载入VMD呢？我是使用VMD md.gro md.xtc载入轨迹的，但是我看里面只有gro文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-28 23:56

Adore 发表于 2024-2-28 08:29
老师，我的轨迹没有载入成功，不知道如何能把gromacs中的轨迹文件载入VMD呢？我是使用VMD md.gro md.xtc ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲得很具体

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