计算化学公社

标题: 求助GROMACS MPI版本设置线程、进程设置问题 [打印本页]

作者
Author: 一昔a 时间: 2024-2-28 12:31
标题: 求助GROMACS MPI版本设置线程、进程设置问题
大家好，我想求助下大家这个GROMACS MPI版本的一些设置问题，看了一些帖子，最后成功在公司的服务器上跑起来了，但是效率还没有我笔记本快，请问这是怎么回事呢？
这是我在服务器上运行的设置：mpirun -np 8 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md3 -ntomp 6

我在笔记本上运行就是：gmx mdrun -v -deffnm md3，没有设置线程和进程，但是居然比公司的还快。

在服务器上运行时有以下输出：imb F 240% step 100, will finish Wed Feb 28 16:02:51 2024
我搜了一些帖子说是数值越大越不稳定，别人的都是百分之十几，我的直接200了...

这是不是我设置的问题呢，
软件是我来的时候就编译好的，服务器是10台48核心96线程的，我跑的体系是3万个原子，但是在服务器上运行的时候慢的要死，这应该是我设置的问题吧？
请问mpirun -np 和-ntomp要如何设置是合理的呢，具体原理是什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 00:10
服务器上按下文重新编译一个thread_MPI+OpenMP版。单机用MPI版无意义
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

作者
Author: shichenfeng 时间: 2024-2-29 11:34

sobereva 发表于 2024-2-29 00:10
服务器上按下文重新编译一个thread_MPI+OpenMP版。单机用MPI版无意义
GROMACS的安装方法（含全程视频演示 ...

sob老师可以重新发一下gromacs的安装包吗，这个网址里的安装包点不开了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 23:36

shichenfeng 发表于 2024-2-29 11:34
sob老师可以重新发一下gromacs的安装包吗，这个网址里的安装包点不开了

http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.8.tar.gz

作者
Author: 一昔a 时间: 2024-3-3 16:53

sobereva 发表于 2024-2-29 00:10
服务器上按下文重新编译一个thread_MPI+OpenMP版。单机用MPI版无意义
GROMACS的安装方法（含全程视频演示 ...

好的，多谢社长！

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