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标题: 模拟过程中，模型中膜+蛋白部分在盒子范围内发生明显移动，导致rmsd变化大的原因？ [打印本页]

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-2-28 17:37
标题: 模拟过程中，模型中膜+蛋白部分在盒子范围内发生明显移动，导致rmsd变化大的原因？
各位老师好，在分析得到的rmsd结果时，发现在10ns附近，rmsd发生了明显的变化，我用vmd查看轨迹后发现，膜+蛋白质部分在10ns时，在盒子内发生了明显的上下移动，导致rmsd变化大。在随后的30ns时间里，膜+蛋白部分稳定在盒子中间，并且rmsd也已经收敛。我的问题是：模型中的膜+蛋白质部分在10ns时发生明显移动，是不是搭建的模型不合理，应该重新搭建？我是用charmm-gui搭建的膜蛋白模型。附上rmsd图和变化前后膜+蛋白在盒子内的位置。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-28 23:58
算RMSD前做align消除整体运动，是否整体移动不影响结果

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-2-29 10:39

sobereva 发表于 2024-2-28 23:58
算RMSD前做align消除整体运动，是否整体移动不影响结果

明白了，我试试看。谢谢sob老师的回答

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-3 22:21
本帖最后由 CHJ2841666311 于 2024-3-3 22:42 编辑

sob老师，上面我提到的问题，我做了align还是会出现，并且，观察轨迹发现，膜+蛋白的上一帧还在中间位置，经过5帧左右，膜+蛋白就会下降到盒子底部，gromacs算出来的rmsd也是因为这样的整体变化而出现突然的变化，但是在后面还是收敛了？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-4 07:07

CHJ2841666311 发表于 2024-3-3 22:21
sob老师，上面我提到的问题，我做了align还是会出现，并且，观察轨迹发现，膜+蛋白的上一帧还在中间位置 ...

trjconv结合-center让感兴趣的部分始终居中

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-4 10:29

sobereva 发表于 2024-3-4 07:07
trjconv结合-center让感兴趣的部分始终居中

好的，谢谢sob老师，我看看怎么弄。

作者
Author: hf.li 时间: 2024-3-6 12:40
楼主，-center以后结果怎么样了，个人还挺好奇的

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-28 16:19

hf.li 发表于 2024-3-6 12:40
楼主，-center以后结果怎么样了，个人还挺好奇的

我操作了之后，还是同样的问题。

作者
Author: amdno 时间: 2024-6-6 15:26

CHJ2841666311 发表于 2024-3-28 16:19
我操作了之后，还是同样的问题。

楼主你好，我的也是类似体系，脂质加蛋白质也出现了这样类似的在盒子里面的整体移动，我想请问这样的移动是否正常，是否会对模拟结果，如相互作用能，序参数产生影响，如果正常的话，有没有过去的参考文献，谢谢楼主

作者
Author: amdno 时间: 2024-6-6 15:30

amdno 发表于 2024-6-6 15:26
楼主你好，我的也是类似体系，脂质加蛋白质也出现了这样类似的在盒子里面的整体移动，我想请问这样的移动 ...

如果不正常，可以消除，请问是怎样处理的呢

作者
Author: amdno 时间: 2024-6-6 15:30

CHJ2841666311 发表于 2024-3-28 16:19
我操作了之后，还是同样的问题。

如果不正常，可以消除，请问是怎样处理的呢

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