计算化学公社

标题: 可以利用结合能判断复合物的最佳结合比例吗 [打印本页]

作者
Author: richer 时间: 2024-2-29 11:29
标题: 可以利用结合能判断复合物的最佳结合比例吗
我是做分子印迹方向的，在合成分子印迹聚合物过程中，要判断模板分子（化合物A）与功能单体（化合物B）形成复合物的最佳结合比例，其最佳比例可能为1：1，1：2，1：3，1：4，1：5，一般都是做实验逐个判断。利用计算化学详细说明如何预测最佳比例的文献很少，我只找到一篇：https://www.hindawi.com/journals/jchem/2015/216983/ 图1是其摘要，但这篇文献中，他的化合物A与B是以氢键结合的，然后用NBO电荷分析，以结合能最小和分子间转移电荷量最大时判断最佳结合比例。

而我的复合物是以共价键形式结合的，图2是我的分子，请问还能用什么方法判断最佳结合比例吗？因为我看到社长老师写的帖子说NBO电荷分析不靠谱，现在不知道该怎么办了？

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-1 02:30
A的Cl原子不可能和B的-COOH共价结合，又没发生化学反应

“分子间转移电荷量最大” 不构成判据
应当称为结合能最负避免歧义

虽然可以按下文用Multiwfn考察分子表面静电势，根据显著的表面静电势正、负位点去对A、B进行匹配来考察此问题，但这种做法的靠谱程度、原理的合理性远比不上用GROMACS做分子动力学研究。光是用量化程序对复合物算算结合能，考虑得也明显不周全（构象问题、周围其它分子的存在、动态效应，都是完全没法忽视的）。
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

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