计算化学公社

标题: GROMACS分子动力学模拟聚类分析总显示killed [打印本页]

作者
Author: mlx 时间: 2024-2-29 18:07
标题: GROMACS分子动力学模拟聚类分析总显示killed
大家好，想请教一个问题，用GROMACS进行分子动力学模拟后，进行聚类分析时（命令：gmx cluster -f md_0_10_center.xtc -s md.tpr -cutoff0.2 -method gromos -n index.ndx -cl clusters.pdb -g cluster.log），总显示killed，试了好几次都是这样，希望大家不吝赐教，感谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: lmch 时间: 2024-2-29 19:33
大概率内存不够

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-1 02:12
要求只统计很少量的帧数，如果能正常跑，大概率就是内存不够的问题。如果认为不是内存的事，尝试其它版本或其它机子

作者
Author: mlx 时间: 2024-3-1 08:49

lmch 发表于 2024-2-29 19:33
大概率内存不够

好的，谢谢您的提醒~

作者
Author: mlx 时间: 2024-3-1 08:50

sobereva 发表于 2024-3-1 02:12
要求只统计很少量的帧数，如果能正常跑，大概率就是内存不够的问题。如果认为不是内存的事，尝试其它版本或 ...

好的，谢谢老师的提醒，我重新尝试一下

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