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标题: 求助：ONIOM方法模拟蛋白质配体时报错 [打印本页]

作者
Author: caiar 时间: 2024-2-29 19:14
标题: 求助：ONIOM方法模拟蛋白质配体时报错
各位老师好，我是参考【QM/MM】ONIOM方法模拟蛋白质复合物教程 - 知乎 (zhihu.com)方法，利用ONIOM来模拟蛋白质-配体体系，在利用molUP产生gjf文件，提交给Gaussian后，报以下错误：

Read MM parameter file:
Define LNC       1
Define LC2       2
Define LNH       3
Define LN       4
Define LC       5
Define LCC       6
Define LC3       7
Define LCA       8
Define LO       9
Define LOH    10
Define LHN    11
Define LH4    12
Define LH1    13
Define LHA    14
Define LHO    15
Define LHC    16
Define LN2    17
Define AP5    18
Define AOH    19
Define AO       20
Define AOS    21
Define AC3    22
Define ANA    23
Define AC2    24
Define AN2    25
Define ANH    26
Define ANC    27
Define ACC    28
Define ACE    29
Define AC       30
Define AN       31
Define AHO    32
Define AH1    33
Define AH2    34
Define AH5    35
Define AHN    36
Define AHA    37
Define AH4    38
Include all MM classes
Multiple matching entries: 2515 2517 2516 2518
ImpTrs LC3 LOH LC LO    1.1 180.0 2.0
ImpTrs LC3 LO LC LOH 1.1 180.0 2.0
Multiple matching entries: 2520 2522 2521 2523
ImpTrs LC3 LOH LC LO    1.1 180.0 2.0
ImpTrs LC3 LO LC LOH 1.1 180.0 2.0
Inconsistent parameter file.
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian16/avx2/C01/g16/l101.exe at Mon Feb 26 19:15:44 2024.
Job cpu time:    0 days  0 hours  1 minutes 35.9 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  6.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

在网上没有找到解决方法，想请教一下各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 23:16
若无绝对必要、对ONIOM不是很熟，强烈不建议折腾ONIOM。仔细看：
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

你的高层总共就没多少原子，折腾ONIOM的功夫用簇模型做DFT早算完了

不要用BVP86这种非主流泛函，完全不是算有机体系的合适选择。noraman完全多余，看下文
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

作者
Author: caiar 时间: 2024-3-1 16:28

sobereva 发表于 2024-2-29 23:16
若无绝对必要、对ONIOM不是很熟，强烈不建议折腾ONIOM。仔细看：
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质- ...

谢谢老师的回复，我的体系是探究氨基酸序列突变对探针XCN振动光谱的影响，有一些突变位置距离探针较远，这种情况下还适合用簇模型吗？我看相关文献是使用NOIOM方法来做的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-2 06:37

caiar 发表于 2024-3-1 16:28
谢谢老师的回复，我的体系是探究氨基酸序列突变对探针XCN振动光谱的影响，有一些突变位置距离探针较远， ...

那叫ONIOM

较远的情况，很可能不是突变位点的残基跟探针有直接作用，而可能是突变影响了探针作用区域的蛋白质构象起到了间接的作用。
当做突变明显影响蛋白质构象时，不仅仅是在原结构基础上突变后再做能量极小化就能表现的。此时应该突变后跑一阵子分子动力学，使突变对构象的影响能完全展现出来，然后再用力场做能量极小化、抠个簇模型出来研究。

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