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标题: CP2K 4.1 版本发布,非常容易安装 [打印本页]

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jiangning198511    时间: 2016-10-28 09:43
标题: CP2K 4.1 版本发布,非常容易安装
本帖最后由 jiangning198511 于 2016-10-28 09:51 编辑

CP2K 最新版本(4.1)已经发布了,该版本的新特色参考下图,个人认为最大的特色是添加了编译工具,新的编译工具脚本可以一键式安装(需要服务器联网),大大降低编译难度,之前我安装过3.0,杂化部分一直报错,这次使用了编译工具脚本,测试例子全部通过,非常给力。感兴趣的同学可以试一试。
PS: 编译工具脚本(tool/toolchain)的目的从网上下载相关库,自动安装,非常方便。


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genies    时间: 2016-10-28 22:04
有测试过libxc中的meta-GGA吗?我们测试了一下tpss和m06l等泛函,同样的基组(6-31G(d)),算个H2O分子,和Gaussian的计算差了几十个mHartree. PBE就没什么问题。不知道原因所在。
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yjmaxpayne    时间: 2016-10-29 09:50
好东西,多谢分享!我一般直接git svn版本,就没怎么注意正式发布。
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qwoop    时间: 2016-10-29 10:30
喜闻乐见
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jiangning198511    时间: 2016-10-29 13:43
genies 发表于 2016-10-28 22:04
有测试过libxc中的meta-GGA吗?我们测试了一下tpss和m06l等泛函,同样的基组(6-31G(d)),算个H2O分子,和G ...

你是说PBE的能量和高斯一样而其他泛函不一样吗?我猜其他泛函在两个程序实现过程中有不同,这个可以去CP2K论坛问问。CP2K的特色是使用混合基组算大体系,我没有和高斯比较过。你测试过LIBXC中的PBE吗,如果和CP2K中的PBE以及高斯中的PBE一样的话,说明LIBXC有问题。
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genies    时间: 2016-11-2 20:32
jiangning198511 发表于 2016-10-29 13:43
你是说PBE的能量和高斯一样而其他泛函不一样吗?我猜其他泛函在两个程序实现过程中有不同,这个可以去CP2 ...

测过libxc和Gaussian中的PBE,是一样的。所以不知道问题在哪里。测试是一个合作者做的,我是让他把结果整理整理去cp2k的讨论组里问问的,他兴趣不大,我也无法指挥他。本来我们是想用cp2k,调libxc的meta GGA,不太想用siesta。siesta的基组有缺陷,构型优化算法也很粗糙,泛函也很少。cp2k基组复杂一些,构型优化算法不算好,但至少比siesta好。虽然abinit可以调用libxc,但一者基于平面波的计算效率比较低,二者集于PAW基组但方法不知道怎么测试到底它的meta GGA算得对不对,不敢用。
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卡开发发    时间: 2016-11-3 10:00
genies 发表于 2016-11-2 20:32
测过libxc和Gaussian中的PBE,是一样的。所以不知道问题在哪里。测试是一个合作者做的,我是让他把结果整 ...

CP2K计算过程是否使用了赝势?是否和WIEN2K做过比较?WIEN2K也能够调用LibXC,看看是否有问题http://www.tddft.org/programs/octopus/wiki/index.php/Libxc

晶格常数比较大的情况平面波方法很没有优势,但SIESTA的计算量也并非完全与晶格尺寸无关。

自古以来,赝势的结果都会与全电子的结果比上一比。总能原则上肯定是没法比较了,但是可以比较别的,比较常规的比较方式应该是这些:
如原子分子系统可以和GTO全电子计算比较键长、键能、价轨道能级、激发能、离子化能等
Phys. Rev. Lett. 43 1979
J. Chern. Phys. 86 2 1987
J. Chem. Phys. 82 270 1985
Phys. Rev. B 41 11 1990
Phys. Rev. B 50 24 1994

固体系统可以和LAPW比较晶格常数、结合能、体模量(拟合EOS)、磁矩、带隙等
Phys. Rev. B 55 4 1997
Phys. Rev. B 59 3 1999

如果要测试的话可以考虑找个全电子程序来做比较,Gaussian和WIEN2K用的比较多,现在的版本应该都支持MetaGGA了吧。
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jiangning198511    时间: 2016-11-3 12:25
genies 发表于 2016-11-2 20:32
测过libxc和Gaussian中的PBE,是一样的。所以不知道问题在哪里。测试是一个合作者做的,我是让他把结果整 ...

VASP的metaGGA是不是应该没问题
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genies    时间: 2016-11-3 21:04
本帖最后由 genies 于 2016-11-3 21:06 编辑
卡开发发 发表于 2016-11-3 10:00
CP2K计算过程是否使用了赝势?是否和WIEN2K做过比较?WIEN2K也能够调用LibXC,看看是否有问题http://www. ...

比较时没有用赝势,就比较的是水分子这么简单的分子。
你的帖子很有帮助,谢谢!
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genies    时间: 2016-11-3 21:05
jiangning198511 发表于 2016-11-3 12:25
VASP的metaGGA是不是应该没问题

不知道。只能假定开发者做了足够可靠的测试。
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jiangning198511    时间: 2016-11-4 10:03
genies 发表于 2016-11-3 21:05
不知道。只能假定开发者做了足够可靠的测试。

http://bbs.keinsci.com/thread-4391-1-1.html
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wudazhuang509    时间: 2017-10-6 11:10
本帖最后由 wudazhuang509 于 2017-10-6 11:13 编辑

楼主,用4.1的toolchain安装的时候有没安装ELPA呢?我装的过程中提示:line 72: Non-zero exit code detected.
72行及后面几行的内容是:
./configure --prefix=${pkg_install_dir} \
                --libdir="${pkg_install_dir}/lib" \
               --enable-openmp=no\
               --enable-shared=$shared_flag \
               --enable-static=yes\
...
这应该怎么解决呢,这个不就是个路径么,怎么会用问题呢?

作者
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jiangning198511    时间: 2017-10-7 11:05
wudazhuang509 发表于 2017-10-6 11:10
楼主,用4.1的toolchain安装的时候有没安装ELPA呢?我装的过程中提示:line 72: Non-zero exit code detecte ...

没有试过ELPA, 你可以试试最新版本,说不一定已经改进了
作者
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get-it    时间: 2017-10-7 14:00
大佬有没有编译过和带plumed的cp2k?
我编译时会出现undefined reference to `__kmpc_global_thread_num'之类的错误
作者
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k64_cc    时间: 2017-10-26 22:05
get-it 发表于 2017-10-7 14:00
大佬有没有编译过和带plumed的cp2k?
我编译时会出现undefined reference to `__kmpc_global_thread_num'之 ...

所以你PLUMED和CP2K都是单节点版的吗?
作者
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get-it    时间: 2017-10-26 22:12
k64_cc 发表于 2017-10-26 22:05
所以你PLUMED和CP2K都是单节点版的吗?

是的,我们组一般都不上openmp
作者
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k64_cc    时间: 2017-10-28 11:29
get-it 发表于 2017-10-26 22:12
是的,我们组一般都不上openmp

我是说你确定两个都没拿MPI编译对吧
作者
Author:
get-it    时间: 2017-10-28 22:08
k64_cc 发表于 2017-10-28 11:29
我是说你确定两个都没拿MPI编译对吧

有mpi啊
没有用openmp
作者
Author:
k64_cc    时间: 2017-10-28 22:40
get-it 发表于 2017-10-28 22:08
有mpi啊
没有用openmp

……
所以说你是用MPI版的PLUMED混合编译CP2K.POPT对吧
是的话可能是某种灵异事件,请去掉PLUMED单独尝试。不是的话问题就很明显。
作者
Author:
get-it    时间: 2017-10-28 22:45
k64_cc 发表于 2017-10-28 22:40
……
所以说你是用MPI版的PLUMED混合编译CP2K.POPT对吧
是的话可能是某种灵异事件,请去掉PLUMED单独尝 ...

这个问题已经解决了
不加plumed编译popt本来就没有问题,后来发现plumed默认开了openmp,关掉后再编译就好了
作者
Author:
get-it    时间: 2017-10-28 23:03
k64_cc 发表于 2017-10-28 22:40
……
所以说你是用MPI版的PLUMED混合编译CP2K.POPT对吧
是的话可能是某种灵异事件,请去掉PLUMED单独尝 ...

默认的plumed配置在没有openmp时也能编译成功,这就很坑了
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qiaobeiming    时间: 2017-10-29 18:42
刚开始学,努力
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Author:
化学势    时间: 2018-2-3 21:51
get-it 发表于 2017-10-28 23:03
默认的plumed配置在没有openmp时也能编译成功,这就很坑了

您好!我在编译popt版cp2k4.1+plumed。

plumed安成后,我按照官网的指示在arch中加入:
include /path/to/your/plumed2.0/installation/lib/plumed/src/lib/Plumed.inc
EXTERNAL_OBJECTS=$(PLUMED_STATIC_DEPENDENCIES)
然后将-D__PLUMED2加到DFLAGS,同时将-lz -ldl -lstdc++加到LIBS里
随后编译CP2K
但是出现了如图所示的错误。
不知您是否知道如何解决?恳请不吝赐教!
我采用的是:
Intel 2016 Fortran & C 编译器
IntelMPI 2016
IntelMKL 2016

作者
Author:
zyj19831206    时间: 2018-9-20 13:11
什么自动编译脚本?在哪个文件夹呢?
作者
Author:
yoya    时间: 2019-1-4 19:44
genies 发表于 2016-10-28 22:04
有测试过libxc中的meta-GGA吗?我们测试了一下tpss和m06l等泛函,同样的基组(6-31G(d)),算个H2O分子,和G ...

您好,想请教您个问题,您知道meta-GGA里的SCAN泛函在cp2k中的输入是怎样的吗?我自己写了一下报错了




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