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标题: 求助文献中关于环状分子扭曲能计算的问题 [打印本页]

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Author: zh7729 时间: 2024-3-1 15:12
标题: 求助文献中关于环状分子扭曲能计算的问题

各位老师好，我在阅读一篇讨论分子内氢键的论文(DOI:10.1002/anie.202307210)时，文中提到与结构7相比，TS2-R的扭曲能比TS2-S的扭曲能更小: “the low energy TS2-R adopts a less distorted conformationas the cyclic imine resting state 7 (Edist=2.1 kcal/mol), while the TS2-Sadapts a more distorted macrocycle backbone conformation (Edist=9.3 kcal/mol)”。但是我没有在文章和SI中找到扭曲能Edist具体的计算方法，想请教一下各位老师这里的扭曲能Edist是怎么算出来的，谢谢大家！

另附上整个反应的Reaction coordinate profile。

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作者
Author: sai77 时间: 2024-3-1 16:09
http://bbs.keinsci.com/thread-23990-1-1.html

作者
Author: zh7729 时间: 2024-3-1 16:25

sai77 发表于 2024-3-1 16:09
http://bbs.keinsci.com/thread-23990-1-1.html

谢谢回复，不过这篇文献从结构7到结构TS2-R/TS2-S应该是环状分子的分子内反应，所以不存在反应物1和反应物2两个反应物；如果直接用TS2-R/TS2-S的能量减去结构7的能量(分别对应于您发的链接中的E(ζ)和E(free))似乎也和文献中的数值对不上，再次求教

作者
Author: sai77 时间: 2024-3-1 16:30
本帖最后由 sai77 于 2024-3-1 16:34 编辑

zh7729 发表于 2024-3-1 16:25
谢谢回复，不过这篇文献从结构7到结构TS2-R/TS2-S应该是环状分子的分子内反应，所以不存在反应物1和反应 ...

反应物1 2也可以看作为分子内反应的片段1 2
用TS-R中的结构7的电子能减去S构型中7的电子能，因为E(free)部分是一样的

作者
Author: zh7729 时间: 2024-3-1 16:43

sai77 发表于 2024-3-1 16:30
反应物1 2也可以看作为分子内反应的片段1 2
用TS-R中的结构7的电子能减去S构型中7的电子能，因为E(free) ...

(1)您的意思是对于这种环内反应可以自行划分成两个片段吗？
(2)从附的Reaction coordinate profile来看，TS-R和TS-S所对应的结构7应该是相同的，两个反应是从结构8开始分叉的。如果用TS-R中的结构7的电子能减去S构型中7的电子能的话，那么差不应该是0吗？
感谢解答

作者
Author: sai77 时间: 2024-3-2 09:08

zh7729 发表于 2024-3-1 16:43
(1)您的意思是对于这种环内反应可以自行划分成两个片段吗？
(2)从附的Reaction coordinate profile来看 ...

抱歉之前没看清图，我以为结构7是过渡态的部分结构，这跟之前算的片段间的畸变-相互作用好像不太一样。
按我理解的，应该是把R/S结构变成跟7的结构骨架一样（把绿色的H还原到酰胺N上），直接算出电子能，跟7的电子能比较。

作者
Author: zh7729 时间: 2024-3-2 19:13

sai77 发表于 2024-3-2 09:08
抱歉之前没看清图，我以为结构7是过渡态的部分结构，这跟之前算的片段间的畸变-相互作用好像不太一样。
...

是的这个应该是无法做Distortion-interaction analysis
您说的有道理，我再按照这样试一下，感谢

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