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标题: 求助gromacs模拟纤维素化学键断裂 [打印本页]

作者
Author: ydq 时间: 2024-3-1 21:37
标题: 求助gromacs模拟纤维素化学键断裂
各位老师，我做的是纤维素模拟，纤维素pdb是cellulose builder生成的，top是charmm-gui生成的（charmm力场，参考文献种的力场类型）。跑完md会有明显的化学键断裂问题，如图所示。我检查了力场itp的【bondtype】应该是是没缺少成键描述的。这种情况哪里还可能出问题呢。（附md.mdp、forcefield.itp、纤维素.itp）

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Author: sobereva 时间: 2024-3-2 06:48
观看轨迹、显示出盒子，弄清楚是pbc导致的显示问题还是确实断了。如果是后者，弄清楚断键对应的原子序号，检查[bonds]里相应项是否有缺失

作者
Author: ydq 时间: 2024-3-2 16:00

sobereva 发表于 2024-3-2 06:48
观看轨迹、显示出盒子，弄清楚是pbc导致的显示问题还是确实断了。如果是后者，弄清楚断键对应的原子序号， ...

老师，这个应该就是断了。.itp里面的bonds项我也看过了，应该是没有缺失。这种问题没有其他的可能性了嘛

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-2 23:09

ydq 发表于 2024-3-2 16:00
老师，这个应该就是断了。.itp里面的bonds项我也看过了，应该是没有缺失。这种问题没有其他的可能性了嘛

检查力常数大小
如果都正常，不可能有这种现象

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Author: ydq 时间: 2024-3-3 15:04

sobereva 发表于 2024-3-2 23:09
检查力常数大小
如果都正常，不可能有这种现象

好的老师！！！我再仔细检查检查。多谢指点！！！

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