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标题: Metadynamics中CV变量设置求助 [打印本页]

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-2 10:38
标题: Metadynamics中CV变量设置求助
各位老师好，最近在看到一篇气液界面文章中设置的CV很奇怪，不知道如何设置。
这个体系是一个水合反应，简单来说就是羰基O上面加一个H，形成OH；羰基C上面加一个OH，形成第二个OH，最后形成这种二个羟基的二醇结构。
它的文章中对于CV的描述是这样的

For hydration reactions of keto- and enol-AcAc at the acidic air-droplet interface, two CVs were defined: the CNs of OK/E to HN and CK/E to ON. Among them, OK is thecarbonyl O atom of keto-AcAc; OE represents the carbonyl orhydroxyl O atom of enol-AcAc; CK and CE representthe carbonyl C atoms of keto- and enol-AcAc, respectively. HNrepresent the H atoms on the air-droplet interface.

这里HN represent the H atoms on the air-droplet interface.这里如何理解呢，气液界面上所有的H如何用关键词设置呢？水界面有很多的H，可以只用一个关键词实现吗

作者
Author: yjb 时间: 2024-3-2 20:01
看图R中，是通过一个水链转移的H，先形成氢键，建议可以就设置一个CV，就是碳基上的氧去拔水分子上的氢。如果不行再试试复合CV坐标，但是有时候越复杂感觉越难实现（维度变大了）。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-3 18:47

yjb 发表于 2024-3-2 20:01
看图R中，是通过一个水链转移的H，先形成氢键，建议可以就设置一个CV，就是碳基上的氧去拔水分子上的氢。如 ...

好的谢谢，我试一下，不知道文章说的是不是这个意思
&COLVAR
   &COORDINATION
      ATOMS_FROM  408 410
         ATOMS_TO  1 4 13 22 40 55 61 64 79 85 94 100 112 118 121 127 136 148 157 160 172 184 187 190 193 196 202 205 223 226 229 235 247 250 253 256 262 274 277 286 289 292 298 301 304 316 319    334 337  349
         R0 [angstrom] 1.8
         NN  6
         ND  12
   &END COORDINATION
&END COLVAR
就是把所有H都写到一块去

作者
Author: yjb 时间: 2024-3-8 10:00

七尺贱发表于 2024-3-3 18:47
好的谢谢，我试一下，不知道文章说的是不是这个意思
&COLVAR ...

没有输入文件不是很清楚

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-3-8 18:40

yjb 发表于 2024-3-8 10:00
没有输入文件不是很清楚

谢谢您啦，我打算先按您说的一个CV去做

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