计算化学公社

标题: 求助gromacs用32个核会报错，改成8个核就没有问题 [打印本页]

作者
Author: xuxu 时间: 2024-3-2 10:44
标题: 求助gromacs用32个核会报错，改成8个核就没有问题
请问下大家，我用32个核会报错（如图），改成8个核就没有问题，但是用8个核时间来不及。所以想麻烦问下大家还有什么其他办法吗？因为对一条链上的两个原子（相距13.03A）在[ bonds ]中加了距离限制，限制距离为13.03A，所以才报错的，是不是因为这个距离超过了非键相互作用的cutoff（12A）？谢谢大家

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2024-3-2 16:56
报错提示中指出并行时域分解（domain decomposition）有问题，说明你模拟的盒子可能比较小，域分解如果分得太细就会小于截断举例，所以不能太多核并行。至于距离约束，约束的距离不能大于盒子尺寸的一半，这是周期性边界条件的要求。

作者
Author: xuxu 时间: 2024-3-2 21:29

Frozen-Penguin 发表于 2024-3-2 16:56
报错提示中指出并行时域分解（domain decomposition）有问题，说明你模拟的盒子可能比较小，域分解如果分得 ...

感谢~

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)