计算化学公社

标题: 求助orca激发态动力学的热浴设置以及没跑到设的步数就结束的问题 [打印本页]

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Author: Sui1999 时间: 2024-3-4 10:15
标题: 求助orca激发态动力学的热浴设置以及没跑到设的步数就结束的问题
各位老师好，我现在的课题是做一个分子在S1态下的水解路径，其水解过程如下图所示，目前第一步的水解在s0和s1的过渡态已经搜索完毕，对于第二步酰胺水解s0已经搜索完毕，但是对于第二步酰胺键在激发态的水解始终没有搜索过过渡态的结构，因此我想对这两步水解分别做激发态动力学来判断翻译的难易程度，在使用orca做激发态动力学的过程中，我遇到几个问题想请教一下各位老师。
1. 我看到orca中有这样一段话如图2所示，假如现在的初始温度是300，然后热浴温度设置的是400，那我再使用图2的命令第二次上传任务的时候，需要把初始温度即initvel这一项改成400吗，还是说输入文件什么都不该，直接上传。
2.我尝试用orca尝试了一下我的体系，发现并orca并没有跑到我设置的步数就正常结束，我检查了一下log，发现体系的温度，能量等信息不合理，想请教一下各位老师这是什么原因。log文件在附件中。
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-4 12:14
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “orca激发态动力学” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-4 12:19
1 那叫提交任务

仔细把下文看了，都说了
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

2 检查任务产生的文本型临时文件末尾内容试图判断

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-3-4 14:30

sobereva 发表于 2024-3-4 12:19
1 那叫提交任务

仔细把下文看了，都说了

谢谢社长

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-4 15:57
你确定这个分子S1水解速率快于S1态衰变的速率吗？
如果S1态没法在S1态的寿命之内（往往只有几纳秒）水解，那你算S1态水解就是白费功夫，因为现实中发生不了。
另外不是所有反应都可以用AIMD判断难易的，建议仔细阅读https://mattermodeling.stackexch ... t-or-aimd/9026#9026

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-3-4 16:55

wzkchem5 发表于 2024-3-4 15:57
你确定这个分子S1水解速率快于S1态衰变的速率吗？
如果S1态没法在S1态的寿命之内（往往只有几纳秒）水解， ...

谢谢老师的回复，我现在的结果显示在激发态下噁唑环先发生中的CO键断裂，然后再与水反应，能垒分别为2.8 kcal/mol和21.6 kcal/mol。21.6 kcal/mol的能垒的反应应该也不能在激发态的寿命里完成，那不是这个分子很难水解吗，但是实验上，普遍认为这个分子在紫外光照射下，很容易发生水解。这种情况我该怎么办啊？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-4 17:16

Sui1999 发表于 2024-3-4 09:55
谢谢老师的回复，我现在的结果显示在激发态下噁唑环先发生中的CO键断裂，然后再与水反应，能垒分别为2.8 ...

第一步可逆吗？
第一步显然是足够快的，假如第一步发生以后，体系没法返回到原分子的激发态，也没有其他的低于20kcal/mol的转化途径，那就来得及发生第二步

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-3-4 17:40

wzkchem5 发表于 2024-3-4 17:16
第一步可逆吗？
第一步显然是足够快的，假如第一步发生以后，体系没法返回到原分子的激发态，也没有其他 ...

好的，谢谢老师，那这个体系确实可以发生第二步反应

作者
Author: furcore 时间: 2024-8-24 10:11

Sui1999 发表于 2024-3-4 17:40
好的，谢谢老师，那这个体系确实可以发生第二步反应

这个反应涉不涉及s1和s0间的势能面交叉，如果涉及的话AIMD是无法描述的吧

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