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标题: 求助高斯簇模型计算共轭小分子和碳纳米管结合能步骤是否正确 [打印本页]

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-4 14:36
标题: 求助高斯簇模型计算共轭小分子和碳纳米管结合能步骤是否正确
目前需要算物质A（负一价有机共轭小分子）在碳纳米管上的结合能（水溶液），其中的相互作用主要是派派作用，使用的是簇模型进行的计算。
整个体系为150个原子，较大，看sob老师说后续结合能的计算应该在ORCA上计算比较好，但是目前不太会用，所有希望能用高斯算完全程。目前在超算平台56核进行计算，感觉算的确实慢。。。

做法是：
1.对物质A进行结构优化和频率计算。# opt freq=raman b3lyp/6-311g(d) em=gd3bj
2.对碳纳米管进行建模，并优化边缘H后对边缘原子进行冻结。
3.将物质A和碳纳米管放在一起进行簇模型结构优化和频率计算。#p opt freq=raman wb97xd/gen int=acc2e=12 scf=(novaracc,noincfock,maxcyc=500) 。对物质A使用6-311g(d,p)，碳纳米管6-31g(d)。
4.簇模型BSSE的计算。#p wb97xd/6-311+g(d,p) counterpoise=2 int=acc2e=12 scf=(novaracc,noincfock,maxcyc=500)。但是此时算的BSSE是没有考虑溶剂的，所以此时计算出的校正后的相互作用能是不是不可以用？算出来其complexation energy = -15.03 kcal/mole (corrected)。如果不可以用的话需要把BSSE抽出来带入有溶剂时的E(AB)-E(A)-E(B)进行计算，所以下一步应该计算单点能。（另外直接用之前优化后的分子的能量加上BSSE粗略的计算了结合能，居然是正的，是不是由于没有对A/AB/B进行精确单点能计算的误差所造成的？还是由于用高斯跑这种大体系这种泛函基组误差大？）
5.打算进行单点能的计算。用#p M062X/def2-TZVP scrf=(solvent=water) em=gd3bj对上述优化后的AB、A、B进行单点能的计算。有一个问题是碳纳米管在这个级别下能算的动吗？
以上是我的整个计算的流程，流程也感觉很麻烦，也不知道整个过程中是否有不妥的地方，希望各位大佬能指出其中的错误，或者能给我这个新手小白一些建议。并不是专门弄计算的，计算的目的是比较几种物质分别在碳纳米管上的结合能、取向以及拉曼频率。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 03:16
我没说“应该在ORCA上计算比较好”。用ORCA算很合适，但没到“应该”的那种必然性的程度

不要把pi-pi说成“派派”

第1步完全是多余的

除非碰到SCF难收敛，否则不要随便写int=acc2e=12 scf=(novaracc,noincfock,maxcyc=500)。本来你当前就还没碰到SCF难收敛问题，写这些纯粹白增加耗时，而且本来没弥散函数的情况下用这些方法试图解决SCF不收敛本来就大概率没用处，下文明确说了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
用maxcyc=500这种设置属于菜鸟思维

counterpoise任务给出的BSSE加到常规方式考虑溶剂模型算的相互作用能上就是溶剂下的考虑BSSE的相互作用能。溶剂下的相互作用能在什么级别下计算，counterpoise任务也必须在什么级别下计算，哪能M06-2X/def2-TZVP的相互作用能结合wB97XD/6-311+G**算的BSSE，这毫无意义。

def2-TZVP作为关键词必须写成def2TZVP，M06-2X根本不能结合DFT-D3(BJ)，看下文
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

如果要算拉曼，一开始就说清楚，不要到最后才说。算拉曼频率不需要写=raman，因为拉曼位移和常规振动分析算的频率是一码事，仅当你需要按下文用Multiwfn等程序绘制拉曼谱时由于需要拉曼活性信息才需要=raman并为此多花一定耗时
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-5 09:15
谢谢sob老师！

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-6 15:46

sobereva 发表于 2024-3-5 03:16
我没说“应该在ORCA上计算比较好”。用ORCA算很合适，但没到“应该”的那种必然性的程度

不要把pi-pi说 ...

老师那由于BSSE用的是wb97xd/6-311+g(d,p)计算的，那我后续A、B、AB都用wb97xd/6-311+g(d,p)算单点能可以吗（精度不知道够不够）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 03:01

Treein 发表于 2024-3-6 15:46
老师那由于BSSE用的是wb97xd/6-311+g(d,p)计算的，那我后续A、B、AB都用wb97xd/6-311+g(d,p)算单点能可 ...

至少6-311+G(2d,p)，看下文里2.3节引用的我的JPCA文章里的表1的对比，6-311+G(d,p)跟6-311+G(2d,p)有明显差距
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

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