计算化学公社

标题: gmx产生的RMSD图始末两个高峰的疑问 [打印本页]

作者
Author: Allan_Zhang 时间: 2024-3-4 15:28
标题: gmx产生的RMSD图始末两个高峰的疑问
有没有人在做gmx的时候有没有人遇到过在rmsd的图上始末都有两个突兀的峰，我通过轨迹优化之后，开始的峰没有了，后面的峰仍然存在。我在想能不能利用 gmx filter来进行过滤下啊，但是我过滤的时候只有前0.07ns，搞不懂了，请教下大佬

作者
Author: pal 时间: 2024-3-4 19:05
检查一下是不是结构跑到相邻的周期性盒子里了

作者
Author: Allan_Zhang 时间: 2024-3-4 19:25

pal 发表于 2024-3-4 19:05
检查一下是不是结构跑到相邻的周期性盒子里了

gmx editconf -f 7t9l_processed.gro -o 7t9l_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 我只是通过上述命令进行盒子的设定，您说的术语我不太懂，刚入坑

作者
Author: pal 时间: 2024-3-4 20:03

Allan_Zhang 发表于 2024-3-4 19:25
gmx editconf -f 7t9l_processed.gro -o 7t9l_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic 我只是通过上述命令进行 ...

就是看看分子的运动轨迹在rmsd出现高峰的时候有没有跑到相邻的盒子里面，或者你看到的是分子跑到了盒子外边

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 02:29
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）
看里面rmsd相关讨论
跟filter毫无关系

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