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标题: 算一个晶体结构+有机小分子结构不收敛 [打印本页]

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Author: 0325-ddd 时间: 2024-3-4 17:02
标题: 算一个晶体结构+有机小分子结构不收敛
求教一下各位老师，我算一个无机晶体+有机小分子结构，将晶体部分冻住，但是一直显示没办法收敛，小分子画的时候正常，不知道为啥保存后就变了，现在打开两个两个文件看结构似乎是一模一样的，不知道该怎么解决这个问题（附件是输入和输出文件）

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Author: wzkchem5 时间: 2024-3-4 17:18
”保存后就变了“是哪方面变了？原子的数目？相对位置？坐标？

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Author: 0325-ddd 时间: 2024-3-4 17:28

wzkchem5 发表于 2024-3-4 17:18
”保存后就变了“是哪方面变了？原子的数目？相对位置？坐标？

就是保存后再用gview打开之后就和之前画的时候不太一样，原子数目，相对位置，坐标没有看到什么变化，但是很奇怪就是一直没法收敛，我尝试过改一改键长，键角也是没办法收敛

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Author: slxc920113 时间: 2024-3-4 18:00
你这个吸附的分子结构本身非常不合理，另外复杂的氧化物晶体抽成团簇计算本身也非常不合理，你这种晶体表面的吸附体系就应该乖乖用第一性原理计算软件，如VASP和CP2K去计算。Gaussian就算是算出来了也不一定正确的（本身结构不合理，表面悬挂导致收敛的波函数也不一定正确）。

作者
Author: 0325-ddd 时间: 2024-3-4 18:37

slxc920113 发表于 2024-3-4 18:00
你这个吸附的分子结构本身非常不合理，另外复杂的氧化物晶体抽成团簇计算本身也非常不合理，你这种晶体表面 ...

其实我也不太懂这些，我之前只算过一点有机分子，这种的是老师让我帮忙算的，这个小分子是NO2，甲醛和氧气的时候至少可以正常地优化结束，其他的就不太行，我一直以为是初猜结构的问题一直在改小分子的一些键长键角

，我跟老师沟通一下看看，谢谢您的回复

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 03:03
这种体系非常不适合当做簇模型来处理，边界很难理想地考虑，想考虑理想不仅过程麻烦（需要用足够大的簇结合背景电荷和capped ECP）而且届时计算也昂贵

CP2K极其适合算这种体系，速度极快，完全免费，结合Multiwfn使用上手容易，完美考虑周期性，也没有设计簇模型的麻烦。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里详细讲授这种体系的计算并给了大把例子。

另外，不要拿优化正常结束与否来说事，就算没报错算完了，不合理的还是不合理，结果会遭到质疑。当前抠出来的这么点的簇根本什么都不是。

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