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标题: 寻找有机胺和水的质子转移过程，无法寻找到过渡态的问题求助 [打印本页]

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-4 17:40
标题: 寻找有机胺和水的质子转移过程，无法寻找到过渡态的问题求助
寻找有机胺和水的质子转移过程，尝试各种初猜结构，做了很多扫描，一直找不到过渡态，代码和图示如下。
# b3lyp/6-31g* opt(ts,calcfc,noeigen) SCRF=SMD freq

a

1 1
H 3.0396403 -0.765794 -0.1285188
C -2.969721 -0.549905 0.065517
H -3.703106 -0.704311 0.863161
H -3.521897 -0.345034 -0.865613
C -2.059854 0.625266 0.399852
H -2.653953 1.543599 0.52976
H -1.561517 0.418855 1.352753
C 0.122826 1.571158 -0.266123
H -0.147555 2.499882 0.260959
H 0.64406 1.858797 -1.185331
C 1.087426 0.800011 0.630271
N -1.033941 0.756045 -0.647353
N 1.430041 -0.53756 0.020738
O -2.211384 -1.756753 -0.055231
H -1.465895 1.176253 -1.468144
H -1.436347 -1.497983 -0.588963
H 2.018692 1.354705 0.752424
H 0.668351 0.607051 1.617717
H 0.994345 -0.622644 -0.904652
H 1.050598 -1.306098 0.580619
O 4.320614 -0.736798 -0.144376
H 4.582073 -0.579852 0.779407
H 4.553477 0.097696 -0.586949

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-3-4 18:14
我找不到过渡态的话，会先用限制一些坐标去做过渡态优化，然后拿这个结构进一步优化，有时候会有效

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-4 18:18
确定这个反应不是无垒反应吗？
我个人的经验是，大部分找不到过渡态的问题，都是因为所要找的过渡态根本就不存在，这个反应的能量是一路上坡或一路下坡的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 02:38
分清楚“输入文件”和“代码”
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

当前计算应当至少给转移的H带上极化函数

大概率没有过渡态，做个柔性扫描就能判断

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-5 17:11

sobereva 发表于 2024-3-5 02:38
分清楚“输入文件”和“代码”
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

谢谢，老师！

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-5 17:13

wzkchem5 发表于 2024-3-4 18:18
确定这个反应不是无垒反应吗？
我个人的经验是，大部分找不到过渡态的问题，都是因为所要找的过渡态根本就 ...

谢谢，老师！但这就让人很不理解，目前的报道质子化胺都是在水的参与下加热去质子的，是我的模拟思路有问题吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-5 17:44

Ekko777 发表于 2024-3-5 10:13
谢谢，老师！但这就让人很不理解，目前的报道质子化胺都是在水的参与下加热去质子的，是我的模拟思路有问 ...

我的意思是，可能质子化的胺和水生成胺和H3O+的反应，能量是一路上坡的，所以得靠热运动或者外来的碱，在H3O+生成以后马上把H3O+从胺旁边挪走，否则就会发生逆反应，回到反应物

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-6 22:09

wzkchem5 发表于 2024-3-5 17:44
我的意思是，可能质子化的胺和水生成胺和H3O+的反应，能量是一路上坡的，所以得靠热运动或者外来的碱，在 ...

谢谢老师，如果是这样子的话，会不会是生成的H3O+直接与下一反应物反应，这样的话是否应该是将这三个分子放在一块寻找过渡态？

谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-6 22:59

Ekko777 发表于 2024-3-6 15:09
谢谢老师，如果是这样子的话，会不会是生成的H3O+直接与下一反应物反应，这样的话是否应该是将这三个分子 ...

可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应物反应掉了，要么是H3O+生成以后，因为向远离胺的方向的运动速度足够快，所以即便逆反应的能垒为0，也没有立即发生逆反应，把质子给回胺

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-7 09:30

wzkchem5 发表于 2024-3-6 22:59
可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应 ...

懂了，谢谢老师。

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-12 10:44

wzkchem5 发表于 2024-3-6 22:59
可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应 ...

老师，还想学习一下无垒反应的判据是什么，有文献可以参考吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-12 16:39

Ekko777 发表于 2024-3-12 03:44
老师，还想学习一下无垒反应的判据是什么，有文献可以参考吗

按https://bdf-manual.readthedocs.i ... geomoptnotconverged的方法判断

作者
Author: Ekko777 时间: 2024-3-12 19:53

wzkchem5 发表于 2024-3-12 16:39
按https://bdf-manual.readthedocs.io/zh-cn/latest/guide/Optimization.html#geomoptnotconverged的方法 ...

谢谢老师。%

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