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标题: 如何提取轨迹某一帧，续跑并覆盖原先的轨迹 [打印本页]

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Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-4 18:39
标题: 如何提取轨迹某一帧，续跑并覆盖原先的轨迹
各位老师好，我想在原来模拟结果的基础上，选取第88ns的轨迹，重新续跑12ns，然后直接把原先轨迹文件中的后12ns覆盖，请问各位老师能实现吗？
我看了论坛帖子，可以提取轨迹文件输出gro结构作为输入文件，并且关注gro文件是有速度信息的（如下），除了第88帧的gro文件，还需要哪些文件？是不是可以理解为跟跑完nvt和npt之后，进行成品模拟一样。原先的参数文件改一下时间就可以。如果这样操作的话，会单独生成结果文件，轨迹需要自己再重新拆分合并了。
1MET    N 1 8.005 4.007 3.142 -0.2148  0.2989  0.4253
1MET HT1 2 7.935 4.053 3.081 -1.3659 -1.2231  0.5258
1MET HT2 3 8.057 3.928 3.099  0.1492  1.6889 -1.8238
1MET HT3 4 8.070 4.080 3.177 -0.1867  0.3973  0.1664
1MET    CA 5 7.920 3.945 3.260 -0.2582  0.2046 -0.0378
1MET    HA 6 7.989 3.902 3.331 -2.7025 -0.8978  1.8002
1MET    CB 7 7.844 4.063 3.339 -0.1425  0.1707 -0.0092
1MET HB1 8 7.743 4.085 3.299 -0.7479  1.2557  2.0142

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Author: sobereva 时间: 2024-3-5 02:40
可以基于这个gro续算，但不可能完全精确延续之前的状态，gro文件记录的数据精度有限，而且热浴状态等信息只有在cpt里才精确体现
跑完后，可以用trjconv把原轨迹切割，再用trjcat合并成新轨迹

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-5 10:15

sobereva 发表于 2024-3-5 02:40
可以基于这个gro续算，但不可能完全精确延续之前的状态，gro文件记录的数据精度有限，而且热浴状态等信息只 ...

好的，谢谢sob老师，我试试看。

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-5 15:33

sobereva 发表于 2024-3-5 02:40
可以基于这个gro续算，但不可能完全精确延续之前的状态，gro文件记录的数据精度有限，而且热浴状态等信息只 ...

sob老师，我试了基于gro结构续算，得到的轨迹和前面计算得到的差别有点大。我想问问有什么方法可以完全延续之前的状态吗？

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Author: sobereva 时间: 2024-3-6 03:20

CHJ2841666311 发表于 2024-3-5 15:33
sob老师，我试了基于gro结构续算，得到的轨迹和前面计算得到的差别有点大。我想问问有什么方法可以完全延 ...

没办法
只有cpt文件才能实现精确延续

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Author: CHJ2841666311 时间: 2024-3-6 09:54

sobereva 发表于 2024-3-6 03:20
没办法
只有cpt文件才能实现精确延续

好的，谢谢sob老师。

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