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标题: 求蛋白蛋白复合物的一些参数文件 [打印本页]

作者
Author: Allan_Zhang 时间: 2024-3-4 19:46
标题: 求蛋白蛋白复合物的一些参数文件
自己的一些.mdp文件在进行蛋白质-蛋白质复合物的分子动力学模拟的时候总是出错，需要经常改错，想询问下有没有大佬有成熟的蛋白质-蛋白质复合物模拟的.mdp文件，如若分享，万般感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 02:41
跟跑普通蛋白质的mdp根本没区别。本来很多蛋白质就是有多条肽链的，和跑多个蛋白质没实质差异。

有这种问题大概率都是缺乏gromacs最基本的常识知识，对mdp选项和拓扑文件的认识稀里糊涂所致，没有足够的理论和程序使用的背景知识遇到报错没法认识到原因并自己解决。通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）正经系统正确学一遍就都会了。

作者
Author: fengxinsuoai 时间: 2025-9-29 20:04
我也是的

作者
Author: student0618 时间: 2025-9-30 19:01

fengxinsuoai 发表于 2025-9-29 20:04
我也是的

不说具体出了什么错很难解答的。

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