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标题: 汽液界面，界面处离子的方向序分布函数制作 [打印本页]

作者
Author: qiyan 时间: 2024-3-4 21:54
标题: 汽液界面，界面处离子的方向序分布函数制作
本帖最后由 qiyan 于 2024-3-4 21:56 编辑

体系是ILs水混合物，做其界面的微观特性分析，在一些文章中看到了界面处离子或水分子方向序分布的分析。请问这是怎么样制作的呢？求大佬指点一下，可以有偿。
这是那篇文献Molecular Dynamics Studies on Liquid/Vapor Interface Properties and Structures of 1-Ethyl-3-methylimidazolium Dimethylphosphate-Water

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 02:47
如果文中没具体写明的话，这种非常专一性的轨迹分析大概率都是作者自己写分析脚本统计的。做MD的人不会写分析脚本寸步难行。
可以试图发邮件找作者要分析工具，作者不给就只能自己写，VMD tcl分析脚本很容易上手，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面专门有一节深入详细讲VMD tcl脚本的编写。结合立体几何知识，编这种脚本没什么难的。

作者
Author: qiyan 时间: 2024-3-6 19:58

sobereva 发表于 2024-3-5 02:47
如果文中没具体写明的话，这种非常专一性的轨迹分析大概率都是作者自己写分析脚本统计的。做MD的人不会写分 ...

非常感谢sob老师的回复，请问在写VMD脚本时怎么定义界面的法向向量呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 03:05

qiyan 发表于 2024-3-6 19:58
非常感谢sob老师的回复，请问在写VMD脚本时怎么定义界面的法向向量呢

用界面上有代表性的一批原子通过最小二乘法拟合平面，法矢量同时就有了

作者
Author: qiyan 时间: 2024-3-7 15:03
本帖最后由 qiyan 于 2024-3-7 15:52 编辑

sobereva 发表于 2024-3-7 03:05
用界面上有代表性的一批原子通过最小二乘法拟合平面，法矢量同时就有了

非常感谢老师回复，请问老师，VMD怎么样定义z轴（0，0，1）这个单位向量呢，
我选择了20到25唉米APM的N1原子这样的选择语句对吗：set select1 "resname APM and name N1 and z>20 and z<25“

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 16:37

qiyan 发表于 2024-3-7 15:03
非常感谢老师回复，请问老师，VMD怎么样定义z轴（0，0，1）这个单位向量呢，
我选择了20到25唉米APM的N1 ...

只有埃，没有埃米
选择语句写到representation的selected atoms里看一眼显示的图像便知

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