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标题: Gromacs可用的Amber14SB_ROC_lipid17力场包 [打印本页]

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-3-4 22:11
标题: Gromacs可用的Amber14SB_ROC_lipid17力场包
本帖最后由喵星大佬于 2024-3-4 22:25 编辑

本套力场文件中蛋白为Amber14SB，10种磷酸化氨基酸已补充完毕
核酸为ROC参数，其在RNA模拟方面较古老的OL3参数有一定提高
脂质使用Lipid17参数，除胆固醇外所有脂质均为3个残基组成
同时提供已经拉直的可以直接用于packmol等建模工具的246种脂质的gro文件

为了方便修改，整个力场进行了模块化的转换，所有氨基酸/离子/水的原子类型名称和原来的一样，核酸的原子类型均添加"_n"后缀，脂质中的原子类型均添加"_l"后缀以示区分
由于目前Amber系列力场中(D. E. Shaw Res.开发的DES-Amber除外)不涉及特定原子类型之间的LJ势定义，因此不会引发其它问题

如果有疑问直接根据力场包内的邮箱联系

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作者
Author: wanglg 时间: 2024-10-24 18:13
您好，请问力场中氨基酸CA的atom type为什么是XC呀？Amber14SB中应该是CX，而amber99中也不是XC？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-10-25 18:13

wanglg 发表于 2024-10-24 18:13
您好，请问力场中氨基酸CA的atom type为什么是XC呀？Amber14SB中应该是CX，而amber99中也不是XC？

我回你邮件了

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