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标题: VASP优化小分子晶体报错 [打印本页]

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 09:01
标题: VASP优化小分子晶体报错
本帖最后由 2532251334 于 2024-3-5 09:03 编辑

各位老师，学生在用vasp优化有机小分子晶体的时候跑了三个离子步就出错了，麻烦各位老师帮忙看看，主要有以下几点疑问：
1.这个晶体里四个分子，总共快360个原子，在自己电脑上算24个核，每个电子步要4分钟，有没有什么办法算的快一点？
2.优化了三个离子步，后两个还没收敛，发现结构散了，氢原子导出乱跑，这个是什么原因导致的？
3.再请教一个软件问题，为什么vesta里显示很多原子在晶胞外面，我看别人的晶胞外面都没有原子？
下面是计算的详细文件：
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 09:20
用CP2K是最好的做法，算这种大晶胞体系速度甩VASP几条街。而且完全免费，结合Multiwfn创建输入文件用起来还相当简单。这种体系这种配置用CP2K跑，用纯泛函结合做优化常用的DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组，SCF一轮超不过10秒钟，速度快好几十倍
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: logzzz 时间: 2024-3-5 10:23
社长正解，用cp2k跑是更优选择。你这种情况大多都是因为初始结构不合理造成的。如果坚持用vasp，我个人建议，可以从两方面入手，第一是分步优化，可以先试试ISIF=2,固定晶胞优化。第二是调低收敛标准先粗略优化，然后在一点点加。至于如何加速，你这个体系用vasp就快不到哪去，可以稍稍降低点截断能。

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 10:59

sobereva 发表于 2024-3-5 09:20
用CP2K是最好的做法，算这种大晶胞体系速度甩VASP几条街。而且完全免费，结合Multiwfn创建输入文件用起来还 ...

谢谢sob老师，那我装个CP2K，有个疑问想再请教下您，
1.我往vmware里装的虚拟机，现在那个盘不够了，想在其他盘装一个虚拟机（还是在vmware里）再装软件这样行不？占得内存在我新虚拟机所在的盘，还是vmware软件在的盘。
2.这种软件可以装在机械硬盘吗？我之前都是装在固态硬盘？
谢谢老师！

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 11:00

logzzz 发表于 2024-3-5 10:23
社长正解，用cp2k跑是更优选择。你这种情况大多都是因为初始结构不合理造成的。如果坚持用vasp，我个人建议 ...

谢谢老师解答，准备装CP2K了。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-3-5 11:05
本帖最后由乐平于 2024-3-5 11:10 编辑

首先，建议用 VASPKIT 来设置 INCAR
VASPKIT 是免费的前处理-后处理工具，下面的是网址
https://vaspkit.com/installation.html

视频教程可以看开发者王伟老师在 B站的讲解
【计算材料学-从算法原理到代码实现】视频教程 | 4.3_VASPKIT软件介绍(王伟友情出镜)_哔哩哔哩_bilibili

你的体系是分子晶体，存在范德华力相互作用，需要加上 IVDW = 12

如果你希望加速计算，可以用 vasp_gam 版，不要用 vasp_std 标准版。当然，vasp_gam 版的 k 点只能是 1 x 1 x 1，也就是你的 KPOINTS 文件里需要将 1 3 1 改成 1 1 1，然后重新提交

如果非要用 1 3 1 的 k 点，也可以在 INCAR 里设置 KPAR 和 NCORE两个参数，具体的测试方法可以看我之前的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 259187&fromuid=1532

希望对你有帮助。

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 11:16

乐平发表于 2024-3-5 11:05
首先，建议用 VASPKIT 来设置 INCAR
VASPKIT 是免费的前处理-后处理工具，下面的是网址
https://vaspkit. ...

谢谢老师，我试试您的办法。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-5 11:43

2532251334 发表于 2024-3-5 10:59
谢谢sob老师，那我装个CP2K，有个疑问想再请教下您，
1.我往vmware里装的虚拟机，现在那个盘不够了，想 ...

分清楚内存和硬盘

固态还是机械无所谓。CP2K计算速度跟硬盘速度无关
哪个分区有地方客户机就装哪

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 12:09

sobereva 发表于 2024-3-5 11:43
分清楚内存和硬盘

固态还是机械无所谓。CP2K计算速度跟硬盘速度无关

明白了，谢谢sob老师

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-3-5 14:29

2532251334 发表于 2024-3-5 11:16
谢谢老师，我试试您的办法。

1、速度上的问题显然可以还有优化余地，ALGO用F(Fast亦即RMM-DIIS)替代N(Normal亦即Davidson)，我这边24核心（7R32）/48G内存大概最长的一个电子步是80s。另外楼上的建议是有效的，可以进行k点测试，假如仅用Gamma点就足够，那么用vasp_gam配合仅Gamma点的k点还能快出来不少。
2、初始结构也许不够好，这个时候可以适当用一些低等级的方法，如DFTB+或者xTB甚至是神经网络势程序粗略优化一下，另外POTIM对IBRION=2（亦即CG+LineSearch）在第一步有很大影响，一般来说可以取个稍微小一些的值确保结构不要炸掉。
3、一个是你的结构本身优化后不是很好，一个是vesta的显示模式并不是很好，例如边缘原子和成键显示的处理方式不是特别得当。

另：
1、可以使用一些LCAO程序，但不是非要用哪种程序就行。除了上述的CP2K，你其实也可以试试看OpenMX，但是功能不是很多，但正因为如此一共也没有几个参数，如果对计算原理比较熟悉的情况基本上一两天就能掌握操作。
2、需要特别指出的是，平面波确实一般情况下计算要略慢于LCAO，但在精度稍高的赝势支持下只要动能截断收敛就能拿到足够高精度的解，衡量计算精度不少人提出了不少测试的方案，其中一种知名的方案叫做delta测试，上述推荐OpenMX也是因为至少在Standard这个级别下OpenMX的精度在delta测试中表现甚至不会比平面波精度差很多，而速度上我们这边测试24核心情况下基本上计算时间大概在20s每电子步。
3、具体要使用什么程序取决于你想要通过计算解决什么问题，如果你只是优化一下晶体结构，很可能力场就做的不错，大可不必费时费力用一个还要看DFT和各个基组、赝势色散修正方式的精度脸色这么个方案。

作者
Author: akakcolin 时间: 2024-3-5 15:36
楼上说的很好
注意到用的2018的intel编译器，可以无脑换最新intel编译器重新build，会快一些
另外一定要考虑色散
用dft算分子晶体一般情况下对计算精度是有要求的，用vasp大部分情况下是合适的

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 19:47

卡开发发发表于 2024-3-5 14:29
1、速度上的问题显然可以还有优化余地，ALGO用F(Fast亦即RMM-DIIS)替代N(Normal亦即Davidson)，我这边24 ...

谢谢您，学到了很多，非常感谢！

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-5 20:23

akakcolin 发表于 2024-3-5 15:36
楼上说的很好
注意到用的2018的intel编译器，可以无脑换最新intel编译器重新build，会快一些
另外一定要 ...

谢谢，明白了。

作者
Author: 乘风万里 时间: 2024-3-5 20:31
本帖最后由乘风万里于 2024-3-5 20:34 编辑

VESTA周期性显示问题点：Edit -> Bonds -> Search additional atoms if A1 is included in the boundary
给每个键选前两个都可以
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-6 09:28

乘风万里发表于 2024-3-5 20:31
VESTA周期性显示问题点：Edit -> Bonds -> Search additional atoms if A1 is included in the boundary
...

谢谢，找到了，这样看起来边界地方还是会有好多不完整的

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2024-3-6 11:07
设置一下NPAR=2，会加速几倍。

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-8 10:09
本帖最后由 2532251334 于 2024-3-8 10:12 编辑

喝杯热水发表于 2024-3-6 11:07
设置一下NPAR=2，会加速几倍。

您好，这个为什么要设置成2？能详细说下吗？我在超算上64个核，设置NCORE=16, KPAR=4，一个电子步90s;改成12,2，一个电子步只用40s，这是为啥？

作者
Author: 喝杯热水 时间: 2024-3-8 14:03

2532251334 发表于 2024-3-8 10:09
您好，这个为什么要设置成2？能详细说下吗？我在超算上64个核，设置NCORE=16, KPAR=4，一个电子步90s; ...

我自己测试过，更少的NPAR反而具有更高的计算效率。

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-9 09:00

喝杯热水发表于 2024-3-8 14:03
我自己测试过，更少的NPAR反而具有更高的计算效率。

好的多谢

作者
Author: 2532251334 时间: 2024-3-9 09:03
本帖最后由 2532251334 于 2024-3-9 10:11 编辑

logzzz 发表于 2024-3-5 10:23
社长正解，用cp2k跑是更优选择。你这种情况大多都是因为初始结构不合理造成的。如果坚持用vasp，我个人建议 ...

老师我想问下您，如果先固定晶胞优化，那晶胞参数要怎么优化，先优化好结构在用isif=3优化晶胞和结构吗？我查了下6是只优化晶胞，这两个的优化顺序有啥建议吗？

作者
Author: 乘风万里 时间: 2024-4-18 21:25
本帖最后由乘风万里于 2024-4-18 21:39 编辑

可以先用 tblite+ase 对分子晶体快速优化，https://github.com/tblite/tblite，最后用VASP优化。但如果对ase-api不熟悉，还是算了。

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