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标题: 求助用Gaussian优化加一个电子且掉一个H氨基酸簇，算绝热吸收能结构时键断开的原因 [打印本页]

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Author: Joy-bomin 时间: 2024-3-5 15:38
标题: 求助用Gaussian优化加一个电子且掉一个H氨基酸簇，算绝热吸收能结构时键断开的原因
各位老师好，想请教一下，我想搜索并优化如下氨基酸簇的结构，因为考虑到是有机分子，且要算垂直吸收能(VDE)和绝热吸收能(ADE)，这是为了配合实验做的计算，实验做出来的氨基酸簇就是要掉一个氢原子，所以分别尝试B3LYP，M062X，wB97XD，配合6-311+G(d,p)的基组先优化基态加一个电子的结构，看着没啥问题，但去一个电子变中性的时候就会遇到键断开或者干脆自行成键完全看不出这是一个氨基酸簇的情况，倒没有不收敛，第一次算这种体系，看了一些博文以为是方法问题，所以尝试了上述三种，但都会遇到这种情况，实在想不到什么原因，还请各位老师提点一下，非常感谢
PS：附着了一种方法的gjf和out的压缩文件

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Author: wzkchem5 时间: 2024-3-5 17:09
本帖最后由 wzkchem5 于 2024-3-5 10:11 编辑

因为去掉电子以后就变成自由基了，自由基的反应活性很高，导致断键或者成键都不是什么稀奇事。
另外那不叫吸收能，吸收是absorption

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Author: Joy-bomin 时间: 2024-3-5 17:18

wzkchem5 发表于 2024-3-5 17:09
因为去掉电子以后就变成自由基了，自由基的反应活性很高，导致断键或者成键都不是什么稀奇事。
另外那不叫 ...

感谢老师回复，应该是垂直电离能，是我搞错了，那像这种反应活性高的结构，有什么好方法可以参考吗

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Author: wzkchem5 时间: 2024-3-5 17:48

Joy-bomin 发表于 2024-3-5 10:18
感谢老师回复，应该是垂直电离能，是我搞错了，那像这种反应活性高的结构，有什么好方法可以参考吗:lovel ...

这种体系不是特别适合考虑绝热电离能。应当重新考虑一下，你要说明的问题能否用绝热电离能以外的量来说明。如果确实不能，那现在算出来的绝热电离能仍然可以用，哪怕电离以后优化的结构是一团糟也没关系，反正仍然符合绝热电离能的定义，绝热电离能的定义没有要求电离以后没有成键/断键

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Author: Joy-bomin 时间: 2024-3-5 18:52

wzkchem5 发表于 2024-3-5 17:48
这种体系不是特别适合考虑绝热电离能。应当重新考虑一下，你要说明的问题能否用绝热电离能以外的量来说明 ...

我再去跟老师交流一下，非常谢谢老师的回复

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