标题: MD模拟到第34612465步，报错：One or more water molecules can not be settled. [打印本页] 作者Author: YuniJ 时间: 2024-3-6 10:13 标题: MD模拟到第34612465步，报错：One or more water molecules can not be settled. 初学gromacs，进行MD模拟时到第34612465步，报错：One or more water molecules can not be settled.我看了一下这一步的pdb，有一个配位水分子的H好像跑了，但是之前的操作我把配位水分子当作了配体看，通过gmx的命令生成了他的itp文件引入了top文件。溶剂水分子用settles限定（直接采取的mcpb.py的top结果），我排查了top，但因为知识欠缺，有点排查不出来。附件是md的mdp文件。出错那步的pdb和拓扑文件太大无法上传，部分以截图展示。谢谢各位大佬指教