计算化学公社

标题: 四个CP2K小脚本 [打印本页]

作者
Author: ma455173220 时间: 2024-3-6 12:04
标题: 四个CP2K小脚本
本帖最后由 ma455173220 于 2024-5-14 08:11 编辑

分享三个自己用的比较多的小脚本，如果有相同需要的可以用这个节省点儿功夫。
1. CP2K结构优化监控小脚本：这个之前介绍过，详情可见CP2K结构优化监控小脚本 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)
2. cp2k-restart.sh：这个脚本的实用场景是用来续上没运算完的计算的。当然你可以使用CP2K自己生成的cp2k-1.restart这个文件直接运算。我不爱用cp2k-1.restart是因为里面格式变得和我设置的不一样了，比如EPS_SCF 1E-05到cp2k-1.restart文件没准就会变成9.999999999E-04，看着难受。如果同样觉得cp2k-1.restart用着难受的人可以用这个脚本哈。这个脚本只会将cp2k-1.restart文件中的CELL, COORD, MD, VELOCITY的相关section复制替换到你自己的cp2k.inp中，而保持其他的参数不改变。该脚本适用于MD,GEO_OPT,CELL_OPT。运行方法是”sh cp2k-restart.sh cp2k-1.restart cp2k.inp“，当然了cp2k-1.restart和cp2k.inp这两个文件名可以随意，你用你自己的就好。
3. diag2ot_geo2cell2md.sh（需要电脑中已经安装Multiwfn）：这个脚本是借用Multiwfn来快速转换SCF的计算方法（即Diagonalization与OT之间的转换）以及RUN_TYPE方法（即GEO_OPT与CELL_OPT与MD之间的转换）。比如我目前有个RUN_TYPE为GEO_OPT且SCF方法为OT的cp2k.inp，我想转换成RUN_TYPE为CELL_OPT并使用Diagonalization就可以用这个脚本来快速转换，省的你还要自己再生成一遍了（以至于你还要重新把各种参数比如CUTOFF什么的全设置一遍）。运行方法为”sh diag2ot_geo2cell2md.sh cp2k.inp“，其中cp2k.inp为你想要转换的那个文件，可以是任意名。
注意：2和3的方法要求你的cp2k.inp的section名要是完整的，比如是以&CELL开始，以&END CELL结尾才可，只有个&END无法定位（若你也是用Multiwfn生成的input文件，那就不用担心了，因为默认就是完整的END）。
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更新：
4. 补一个小脚本，用来将cp2k文件结构可视化的，很简单的脚本，但是个人感觉蛮实用的。直接调用万能的Multiwfn，读取cp2k文件并将其转化成其他结构文件的，目前包括：POSCAR，cif，pdb，xyz四种输出格式，想输出其他格式的可以根据Multiwfn来改写，很简单的脚本。用法：sh cp2k2cif.sh cp2k.inp（需要电脑中已经安装Multiwfn），其中cp2k.inp为你想要导出结构的那个文件，可以是任意名。

也许很多人都用不上，按需自取自改吧。

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-3-31 16:29

有大佬写脚本可以省好多事了

作者
Author: DDT好好吃 时间: 2024-4-1 11:47
感谢分享！学习一下

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-4-13 10:29
您好，已经私聊您关于第二个脚本ubuntu 20.4用不了的问题了

作者
Author: 乐平 时间: 2024-4-13 11:56

大王来何发表于 2024-4-13 10:29
您好，已经私聊您关于第二个脚本ubuntu 20.4用不了的问题了

干嘛非要私聊
把问题在论坛里描述清楚，别人如果遇到类似的，也会看到得到帮助。

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-4-13 21:43

乐平发表于 2024-4-13 11:56
干嘛非要私聊
把问题在论坛里描述清楚，别人如果遇到类似的，也会看到得到帮助。

不好意思,刚来论坛还不懂规矩，我这按照楼主方法运行脚本后提示的是： cp2k-restart.sh :26 : not found
cp2k-restart.sh: 27 : local: not in a function

作者
Author: 乐平 时间: 2024-4-13 23:16
本帖最后由乐平于 2024-4-13 23:27 编辑

大王来何发表于 2024-4-13 21:43
不好意思,刚来论坛还不懂规矩，我这按照楼主方法运行脚本后提示的是： cp2k-restart.sh :26 : not found ...

首先，你需要说明你自己的操作过程，比如你输入的命令是什么？

另外，你可以在楼主的帖子（第一篇帖子）下面回复，并上传你的输入文件（.inp）和 restart 文件。让楼主看看具体的情况。

作者
Author: changleichen 时间: 2024-4-18 15:36
蛮有用的。

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