计算化学公社

标题: 请问能否使用sobtop直接生成一个混合体系整体的top文件 [打印本页]

作者
Author: chaojichaoji 时间: 2024-3-6 16:05
标题: 请问能否使用sobtop直接生成一个混合体系整体的top文件
刚开始学习gromacs，想对于一个含有两种有机物的盒子跑分子动力学模拟。
使用packmol建立盒子生成pdb文件之后将盒子的pdb文件交给sobtop生成了top和itp文件，发现生成的top文件将这个盒子视为了一个整体。
请问这样子的计算过程是否有误？如果在下一步的计算中直接使用生成的top文件是否可行。谢谢各位老师。

附top文件如下

; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev3.2) on 2024-03-06

[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
   1             2             yes          0.5    0.8333

#include "C18system.itp"

[ system ]
C18system

[ molecules ]
; Molecule    nmols
C18system    1

作者
Author: 牧生 时间: 2024-3-6 16:36
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？

再顺带一提，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，甚至完全产生不了而崩溃，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

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