计算化学公社

标题: 如何构建包含227个重复单元的聚合物、蛋白质和小分子体系？ [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-6 16:32
标题: 如何构建包含227个重复单元的聚合物、蛋白质和小分子体系？
gromacs小白，现在已有通过mcpb.py工具得到的蛋白质与小分子的溶剂化后的体系和通过sobtop生成的聚合物的top文件和itp文件，如果将一个聚合度为227的聚合物（文件限制无法上传）填充到这个体系中从而进行模拟呢?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 04:13
真空下模拟聚合物，等蜷缩起来后，再把聚合物插入当前盒子

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-7 11:37

sobereva 发表于 2024-3-7 04:13
真空下模拟聚合物，等蜷缩起来后，再把聚合物插入当前盒子

谢谢老师！！！！！

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-10 08:30

sobereva 发表于 2024-3-7 04:13
真空下模拟聚合物，等蜷缩起来后，再把聚合物插入当前盒子

打扰老师了，请问真空下模拟聚合物一般模拟多长时间比较合适呢？100ns吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-10 08:33

YuniJ 发表于 2024-3-10 08:30
打扰老师了，请问真空下模拟聚合物一般模拟多长时间比较合适呢？100ns吗？

看具体目的
如果是蜷缩起来就够了，用不着100ns。一直跑着，不断看轨迹，看什么时候蜷缩程度够了就停了

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-10 08:45

sobereva 发表于 2024-3-10 08:33
看具体目的
如果是蜷缩起来就够了，用不着100ns。一直跑着，不断看轨迹，看什么时候蜷缩程度够了就停了

好的，谢谢老师

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