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标题: 修改Gromacs参数文件中nsteps的数值，即步长*步数时需要注意什么？ [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-3-6 21:31
标题: 修改Gromacs参数文件中nsteps的数值，即步长*步数时需要注意什么？
想问一下大家如果要调整模拟时间，在nsteps中修改步长*步数，这个步长和步数的值有设置范围吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 03:56
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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跑的总长度必须结合实际问题选择。诸如模拟水盒子的密度，跑个1ns也就足够得到统计误差较小的数据了，而模拟蛋白质的大幅构象变化，可能得跑几百ns甚至更长

作者
Author: 12313 时间: 2024-3-7 17:53

sobereva 发表于 2024-3-7 03:56
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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谢谢老师

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