计算化学公社

标题: Multiwfn中cif转gjf后多了两个原子？ [打印本页]

作者
Author: ysqyxfxrg 时间: 2024-3-7 15:23
标题: Multiwfn中cif转gjf后多了两个原子？
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各位老师，想请教一下：
导入一个PET原胞的cif文件到Gaussview然后保存成gjf 和导入同一个cif文件到Multiwfn然后转成gjf，用文本格式打开发现两个gjf文件内的原子个数不一样，gview得到的是14个原子，而Multiwfn得到的是16个原子，但Multiwfn中有四个原子的坐标是两两重合的，所以其实有效的还是14个原子，但是会导致用Multiwfn生成的inp文件出问题，想问下为啥会这样啊？

附件说明：
PET from paper.cif 是从网上down下来的cif文件
Multiwfn.gjf 是PET from paper.cif在Multiwfn中用gi指令转换成的gjf文件 (14个原子）
Gaussview.gjf 是PET from paper.cif在Gview中保存的gjf文件（16个原子，其中第5和13个C原子重复了，坐标为C -2.03269707 4.88922551 0.34873190；第6和第11个O原子重复了，坐标为O -0.64607338 -0.65673762 1.52570204，所以有效原子还是14个）

谢谢

作者
Author: pal 时间: 2024-3-7 15:41
cif文件里面就是16个原子，重复的位置cif里面也重复了

作者
Author: ysqyxfxrg 时间: 2024-3-7 15:51
本帖最后由 ysqyxfxrg 于 2024-3-7 16:05 编辑

pal 发表于 2024-3-7 15:41
cif文件里面就是16个原子，重复的位置cif里面也重复了

谢谢大佬，但是cif文件里原子的坐标是没有重复的啊 (用Matlab画过，16个没有重复的）

我用Matlab绘制过cif文件里的16个坐标和Gview和Multiwfn里的14个有效原子的坐标，发现两者在3D图里完全不能重合，我的想法是cif文件里的坐标不能以笛卡尔坐标来看，可能是晶体中变换前的某种坐标，所以不能拿来比较。而且我看过其他文件的cif，导成gjf后的坐标个数都完全不一样。

所以此处我觉得还是仅仅对比Gview和Multiwfn的坐标比较合适，我还是想问，为啥Multiwfn里有两对重复值啊？谢谢

下面贴出cif文件里的坐标部分：

C1 C 0.000 0.078 -0.371
C2 C 0.000 0.181 -0.237
C3 C -0.100 -0.170 -0.438
C4 C -0.177 -0.257 -0.567
C5 C 0.045 -0.085 0.040
O1 O -0.098 -0.415 -0.830
O2 O 0.052 0.000 0.175
C5A C -0.045 0.085 -0.040
O2A O -0.052 0.000 -0.175
C1A C 0.000 -0.078 -0.629
C2A C 0.000 -0.181 -0.763
O2 O 0.052 0.000 -0.825
C5 C 0.045 -0.085 -0.960
C3A C 0.100 0.170 -0.562
C4A C 0.177 0.257 -0.433
O1A O 0.098 0.415 -0.170

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 16:13
判断重合要考虑周期性

Multiwfn主功能0里一看便知
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作者
Author: ysqyxfxrg 时间: 2024-3-7 16:29

sobereva 发表于 2024-3-7 16:13
判断重合要考虑周期性

Multiwfn主功能0里一看便知

谢谢老师，刚才查看了，Multiwfn主功能0里图像中的C5和C13，O7和O12确实是重复的，这是为啥呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 16:36

ysqyxfxrg 发表于 2024-3-7 16:29
谢谢老师，刚才查看了，Multiwfn主功能0里图像中的C5和C13，O7和O12确实是重复的，这是为啥呢？

显然因为cif里的坐标是重复的
我已经强调了考虑周期性

作者
Author: ysqyxfxrg 时间: 2024-3-7 16:45
好的谢谢老师，用直接生成的有重复原子的inp去计算会报错，所以我把重复的C和O删掉了然后去计算，会有问题吗？
按照周期性，也就是隔壁晶胞中某方向的C和此晶胞中相对方向的C重合了？

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