计算化学公社

标题: 求助优化b2h6在sio2表面吸附过程时总是不能形成双氢键 [打印本页]

作者
Author: phur 时间: 2024-3-7 15:24
标题: 求助优化b2h6在sio2表面吸附过程时总是不能形成双氢键
优化出来的结果非常离谱
(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: phur 时间: 2024-3-7 15:28
而且最后不能收敛，报错l103.之前按照帖子中的方法处理后又报错l9999，再次处理后，出现的结构和图中类似，一样是不能形成氢键

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 16:19

phur 发表于 2024-3-7 15:28
而且最后不能收敛，报错l103.之前按照帖子中的方法处理后又报错l9999，再次处理后，出现的结构和图中类似， ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

绝对不要用诸如“之前按照帖子”这种描述，没人知道你在说什么，好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

摆恰当的初猜结构。氢加上极化

亦可用genmer+molclus做团簇构型搜索，确保得到能量最低结合结构
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

内存甭给得那么抠
看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: phur 时间: 2024-3-7 16:23

sobereva 发表于 2024-3-7 16:19
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

感谢sob老师！第一次发帖求助，有些不规范，抱歉

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-7 18:13

phur 发表于 2024-3-7 08:28
而且最后不能收敛，报错l103.之前按照帖子中的方法处理后又报错l9999，再次处理后，出现的结构和图中类似， ...

你为什么预期能生成双氢键？
B2H6的H虽然有一定的氢负性质，但是如果B上没有强配体的话，H的氢负性质并不强。这也就是为什么B2H6还原有机化合物，一般不是B2H6直接转移一个氢负给底物，而是底物先和硼配位（如醛酮的反应），或至少有一定的轨道重叠（如烯烃的反应），硼烷变得更加富电子以后，氢负才能给出来。
所以类似地，B2H6的氢的氢负性质可能未必强到足以和羟基形成双氢键。如果文献认为有双氢键，建议把文献贴出来；如果没有文献支持，那应当考虑本来就不该形成双氢键的可能性

作者
Author: phur 时间: 2024-3-7 20:06

wzkchem5 发表于 2024-3-7 18:13
你为什么预期能生成双氢键？
B2H6的H虽然有一定的氢负性质，但是如果B上没有强配体的话，H的氢负性质并 ...

老师你好，这是我参考的文献

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-7 20:26

phur 发表于 2024-3-7 13:06
老师你好，这是我参考的文献

你的计算理论级别和文献不一致。先和文献的理论级别统一再说

作者
Author: phur 时间: 2024-3-14 09:24

wzkchem5 发表于 2024-3-7 20:26
你的计算理论级别和文献不一致。先和文献的理论级别统一再说

老师你好,我使用了和帖子里一样的基组泛函，结果和之前一样不能产生双氢键，并且算出来的结果总是认为b2h6两侧的电子是以氢键方式连接。是否因为双氢键本身就难以形成？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-3-15 04:40

phur 发表于 2024-3-14 02:24
老师你好,我使用了和帖子里一样的基组泛函，结果和之前一样不能产生双氢键，并且算出来的结果总是认为b2h ...

文献的SI给了分子坐标了吗？如果给了，用文献的分子坐标作为初始结构优化。
如果包括分子坐标在内的所有细节都和文献统一了，仍然重复不出来，那就给文献作者发邮件，找他们要原始输入文件

作者
Author: phur 时间: 2024-3-15 08:36

wzkchem5 发表于 2024-3-15 04:40
文献的SI给了分子坐标了吗？如果给了，用文献的分子坐标作为初始结构优化。
如果包括分子坐标在内的所有 ...

SI里没有给分子坐标，谢谢老师的建议，我这就去发邮件！

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