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标题: 有机小分子在碳管上的吸附-力场选择问题 [打印本页]

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-7 19:29
标题: 有机小分子在碳管上的吸附-力场选择问题
小白求助，想用gromacs模拟有机小分子在碳管上的吸附问题，目前用sobtop得到了小分子和碳管的基于gaff力场的拓扑文件，后续想用gaff模拟吸附。但是gromacs是不是不兼容gaff力场？如果有解决方法，能具体说说吗？
看文献这种体系都是基于OPLS-AA力场来做的，不行的话是不是得基于OPLS-AA力场生成gro、top？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-3-7 20:31
gromacs当然兼容GAFF力场

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-7 21:39
主要是看gromacs力场选项里面只有AMBER CHARMM GROMOS OPLS-AA

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-3-8 09:05

Treein 发表于 2024-3-7 21:39
主要是看gromacs力场选项里面只有AMBER CHARMM GROMOS OPLS-AA

amber力场就是兼容gaff的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-8 11:51
谁规定GROMACS只能用自带的力场了？

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt，了解基本常识
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GAFF力场干这个极其适合

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