计算化学公社
标题: gromacs做NPT动力学模拟的结果随升温速率变化这么大吗?原因是什么? [打印本页]
作者Author: wanlichuan 时间: 2024-3-8 14:04
标题: gromacs做NPT动力学模拟的结果随升温速率变化这么大吗?原因是什么?
本帖最后由 wanlichuan 于 2024-3-9 00:53 编辑
大家好,我想做一个晶体材料的NPT升温动力学,目标温度550K,用同一个结构和同一个top文件,步长、热浴和压浴及时间常数等参数都保持不变,只改变升温速率。升高5°所需时间分别设置了2ps、5ps、10ps、20ps和40ps五种速率。但是得到的结果出现了两种情况,一种是有相变的(10ps),一种是没有相变的(2ps、5ps、20ps、40ps),五种情况的mdp文件和结果文件(温度、密度与时间的关系)见附图。为什么会出现这种情[attach]85698[/attach][attach]85698[/attach][attach]85698[/attach]况呢?请指教。
作者Author: sobereva 时间: 2024-3-9 05:58
不一定是升温速度的原因。动力学本来就有随机性,即便同一个升温速度反复跑10遍,都有可能得到有和没有相变的结果。所以每个升温速度应该重复跑多次得到统计信息
另参考下文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
作者Author: wanlichuan 时间: 2024-3-10 08:02
好的,谢谢社长。知道会有一些随机因素导致重现性低,但是没想到会有这么大的定性差别。
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) |
Powered by Discuz! X3.3 |