计算化学公社

标题: 求助openbabel优化配体的三维结构问题 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2024-3-9 23:04
标题: 求助openbabel优化配体的三维结构问题
各位前辈，请教一下，很多文章（如Design, synthetic approach, in silico molecular docking and antibacterial activity of quinazolin2,4-dione hybrids bearing bioactive scaffolds）提到openbabel可以通过AMBER Force Field优化配体的三维结构，但是我在openbabelGUI中没看到相关参数的设置，谢谢指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-10 08:21
小分子配体应当用GAFF力场而非AMBER

对infile.xyz基于GAFF力场优化，输出new.xyz的命令：
obabel infile.xyz -O new.xyz --minimize --ff GAFF

作者
Author: charmm36 时间: 2024-3-10 09:45

sobereva 发表于 2024-3-10 08:21
小分子配体应当用GAFF力场而非AMBER

对infile.xyz基于GAFF力场优化，输出new.xyz的命令：

好的好的，原来是要用命令行版，谢谢Sob老师！对了，.xyz代表各种文件格式吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-10 09:54

charmm36 发表于 2024-3-10 09:45
好的好的，原来是要用命令行版，谢谢Sob老师！对了，.xyz代表各种文件格式吗？

openbabel支持的格式都可以

作者
Author: charmm36 时间: 2024-3-10 10:48

sobereva 发表于 2024-3-10 09:54
openbabel支持的格式都可以

嗯嗯，好的

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-4-10 20:33

sobereva 发表于 2024-3-10 08:21
小分子配体应当用GAFF力场而非AMBER

对infile.xyz基于GAFF力场优化，输出new.xyz的命令：

老师，小于两千分子量的多肽配体优化也用GAFF力场吗？还是其他的力场

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-4-10 20:55

Drunk_bear 发表于 2024-4-10 20:33
老师，小于两千分子量的多肽配体优化也用GAFF力场吗？还是其他的力场

小分子用GAFF力场，大分子用AMBER。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-4-11 01:16

Drunk_bear 发表于 2024-4-10 20:33
老师，小于两千分子量的多肽配体优化也用GAFF力场吗？还是其他的力场

不管普通蛋白质还是很小的肽，若无特殊情况，都用专门的蛋白质力场，如AMBER

作者
Author: Drunk_bear 时间: 2024-4-11 10:48

sobereva 发表于 2024-4-11 01:16
不管普通蛋白质还是很小的肽，若无特殊情况，都用专门的蛋白质力场，如AMBER

好的，谢谢。请问输入命令，显示打不开AMBER，是哪里出了问题？
代码如下：
C:\Users\xxx\Desktop\2>obabel -imol2 10.mol2 -opdbqt -O 70_%n.pdbqt -minimize -ff AMBER -m
==============================
*** Open Babel Error in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
Cannot open AMBER
10 molecules converted

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