计算化学公社

标题: 求助批量将二维结构转变为三维结构的软件 [打印本页]

作者
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charmm36    时间: 2024-3-10 10:48
标题: 求助批量将二维结构转变为三维结构的软件
求助帖!
各位大神和前辈,烦请推荐一款除Balloon和openbabel以外能批量将化合物二维结构转变为三维结构的免费且广泛引用的学术软件,万分感谢!

作者
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乐平    时间: 2024-3-10 11:29
你这个表达呀…… 太容易产生歧义了……

二维结构转变为三维结构


对于做二维材料背景的人一看就觉得根本不可能有这种操作,不科学

对于做分子体系背景的人,也许会想是不是把平面的分子式转换成立体的球棍模型


作者
Author:
sobereva    时间: 2024-3-10 12:56
先说明为什么不用流行的openbabel,要不然别人推荐了其它的没准儿又不符合你的要求
作者
Author:
charmm36    时间: 2024-3-10 15:22
乐平 发表于 2024-3-10 11:29
你这个表达呀…… 太容易产生歧义了……

对,是的,把平面的转变成立体三维的,虚拟筛选所用的化合物必须是3D的
作者
Author:
charmm36    时间: 2024-3-10 15:28
sobereva 发表于 2024-3-10 12:56
先说明为什么不用流行的openbabel,要不然别人推荐了其它的没准儿又不符合你的要求

之前看到一些评论说openbabel将2维结构转变为3维结构不是其强项,并且我看到这方面的文献不多(可能是我的阅读量少),比较多的是用薛定谔软件中Lig Prep工具构建三维小分子文库,但这个软件贵。诚望您推荐些其他的!
作者
Author:
乐平    时间: 2024-3-10 15:34
charmm36 发表于 2024-3-10 15:22
对,是的,把平面的转变成立体三维的,虚拟筛选所用的化合物必须是3D的

……  典型的“听君一席话,如听一席话”

你这说了跟没说一样……
作者
Author:
charmm36    时间: 2024-3-10 15:41
乐平 发表于 2024-3-10 15:34
……  典型的“听君一席话,如听一席话”

你这说了跟没说一样……

这么说吧,小分子在溶液中就是三维立体的,但很多网站提供的小分子文库的格式是平面二维的,如2D 的SDF格式,因此计算时,必须要构建小分子的三维结构。
作者
Author:
乐平    时间: 2024-3-10 15:49
charmm36 发表于 2024-3-10 15:41
这么说吧,小分子在溶液中就是三维立体的,但很多网站提供的小分子文库的格式是平面二维的,如2D 的SDF格 ...

那就我前面说的,把分子式转换成球棍模型

二维三维这样的指代完全不明确,平面分子就是二维的(例如乙烯,苯)
作者
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charmm36    时间: 2024-3-10 15:53
乐平 发表于 2024-3-10 15:49
那就我前面说的,把分子式转换成球棍模型

二维三维这样的指代完全不明确,平面分子就是二维的(例如乙 ...

嗯嗯,
作者
Author:
sobereva    时间: 2024-3-10 15:56
charmm36 发表于 2024-3-10 15:28
之前看到一些评论说openbabel将2维结构转变为3维结构不是其强项,并且我看到这方面的文献不多(可能是我 ...

起码你先试了,如果不满足自己要求再说,别看别人怎么评论。不同类型体系之间也没有可比性。

chemdraw画的二维结构复制到chem3D的时候也能转成三维的
作者
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charmm36    时间: 2024-3-10 22:53
sobereva 发表于 2024-3-10 15:56
起码你先试了,如果不满足自己要求再说,别看别人怎么评论。不同类型体系之间也没有可比性。

chemdraw ...

嗯嗯,好的!




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