计算化学公社

标题: 求助如何理解模拟过程中界面不稳定的现象 [打印本页]
作者
Author: zhangfaxue    时间: 2024-3-10 18:28
标题: 求助如何理解模拟过程中界面不稳定的现象
模拟的时候建立油水界面模型，界面放置表活剂，packmol尝试了两种建模方法，第一种是单层油-水模型，第二种是水-油-水模型。第一种建模方式模拟时界面所处位置会在沿着x方向（该图中的水平方向）左右移动，移动幅度较大；而采用第二种建模方式界面所处位置不会发生偏移。请问为什么会出现第一种情况？是因为他是周期性边界条件？有什么方法可以解决吗？那他会对后续的结果分析有影响吗？
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油-水建模
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水-油-水建模
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-11 06:42
由于PBC，油-水 和 水-油-水 或 油-水-油，完全是一码事
作者
Author: zhangfaxue    时间: 2024-3-11 08:48
sobereva 发表于 2024-3-11 06:42
由于PBC，油-水 和 水-油-水 或 油-水-油，完全是一码事

老师，那我统计沿x方向界面位置的时候（密度分布等等）会受影响吗？
作者
Author: Seyilaxa    时间: 2024-3-11 09:54
zhangfaxue 发表于 2024-3-11 08:48
老师，那我统计沿x方向界面位置的时候（密度分布等等）会受影响吗？

可以用trjconv让输出轨迹文件时让膜居中
作者
Author: zhangfaxue    时间: 2024-3-11 10:37
Seyilaxa 发表于 2024-3-11 09:54
可以用trjconv让输出轨迹文件时让膜居中

但是这样只能保证那一帧是居中的，由于界面在移动其他帧会不居中
作者
Author: 牧生    时间: 2024-3-11 12:35
本帖最后由 牧生 于 2024-3-11 12:38 编辑
zhangfaxue 发表于 2024-3-11 10:37
但是这样只能保证那一帧是居中的，由于界面在移动其他帧会不居中

是整个轨迹中，膜都可以居中的，不仅是那一帧
作者
Author: zhangfaxue    时间: 2024-3-11 14:03
牧生 发表于 2024-3-11 12:35
是整个轨迹中，膜都可以居中的，不仅是那一帧

好的谢谢！



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