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标题: 求助：GMX中amber99力场下钾离子剧烈团簇问题 [打印本页]

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-3-11 09:25
标题: 求助：GMX中amber99力场下钾离子剧烈团簇问题
我在之前做离子分离体系中因为有氨基酸的存在，所以采用amber力场，模拟了K、Li、Mg、Na这四种离子，发现K离子非常容易形成团簇。
于是我自己创建了一个60*30*40大小的盒子，单独存放K和水。分别使用了amber99和oplsaa力场，发现opls力场下K离子并不会形成团簇而amber力场下仍然会形成严重的团聚现象。
附件是amber力场下的K离子模型。用的是gmx2019.6的版本。
文献中也有采用amber模拟K离子，但好像并没有问题。

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-3-11 09:26
md.gro是跑出来之后的轨迹

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 09:11

yixiansheng 发表于 2024-3-11 09:26
md.gro是跑出来之后的轨迹

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

AMBER力场自带的离子参数就那样，高浓度时容易结晶。本论坛里已经讨论过多次了，注意用论坛首页全文搜索框搜过往讨论。改用KBFF力场的离子参数

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-3-12 10:50
谢谢sob老师，下次会注意的

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