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标题: cp2k提交任务mpi运行有误 [打印本页]

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2024-3-11 10:25
标题: cp2k提交任务mpi运行有误
按照社长的教程用toolchain编译好了cp2k，在界面上可以正常运行 (, 下载次数 Times of downloads: 6) 。
但是提交至服务器会出现如下问题： (, 下载次数 Times of downloads: 4) 。

查看帖子加入了export OMPI_MCA_btl=^openib export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1也没能解决问题。
并且更新了libfabric也没能解决问题。更新步骤如下：下载libfabric-1.20.1，./autogen.sh ./configure make进行安装，然后把文件夹整体复制到openmpi/lib文件夹下。
我的提交脚本是这样： (, 下载次数 Times of downloads: 6)
环境变量是这样： (, 下载次数 Times of downloads: 6) 。
请各位老师帮忙看看，帮忙解决！谢谢

作者
Author: 乐平 时间: 2024-3-11 12:01
本帖最后由乐平于 2024-3-11 12:06 编辑

你应该把

source /public/apps/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/setup

复制代码

写到提交任务的 PBS 脚本里，而不是写入你自己本地的 ~/.bashrc 环境变量里。

你自己本地的 ~/.bashrc 只是针对登录节点，且只针对你自己的账号。而提交 cp2k 计算任务是到计算节点，要让计算节点满足 cp2k 的环境，就需要在提交任务的脚本里加上上面说的 source 那一行。

同理，运行其他计算程序也是在提交任务的 PBS 脚本里添加需要依赖的库，而不是在你自己 ~/.bashrc 环境变量里添加。
你自己的 ~/.bashrc 环境变量里根本不需要写那么多的 export

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2024-3-11 13:50

乐平发表于 2024-3-11 12:01
你应该把

写到提交任务的 PBS 脚本里，而不是写入你自己本地的 ~/.bashrc 环境变量里。

老师您好，我从~/.bashrc删除，写在脚本里面，仍然出现这个问题

作者
Author: 乐平 时间: 2024-3-11 15:56

哪有这么脆弱发表于 2024-3-11 13:50
老师您好，我从~/.bashrc删除，写在脚本里面，仍然出现这个问题

你怎么写的？

作者
Author: 哪有这么脆弱 时间: 2024-3-11 16:10
source /public/apps/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/setup
然后根据报错我更新了libfabric，所以还添加了
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/wangdu/soft/lib/libfabric1.20.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

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