计算化学公社
标题: 求助利用懒人脚本将orca结合Multiwfn计算电荷失败 [打印本页]
作者Author: Caril 时间: 2024-3-11 10:30
标题: 求助利用懒人脚本将orca结合Multiwfn计算电荷失败
新手求助：（量子化学小白）
在虚拟机中装有Ubuntu系统，且版本号为：
Linux version 6.5.0-25-generic (buildd@bos03-amd64-044) (x86_64-linux-gnu-gcc-12 (Ubuntu 12.3.0-1ubuntu1~22.04) 12.3.0, GNU ld (GNU Binutils for Ubuntu) 2.38)
在虚拟机中下载安装了orca和相应的openmpi,以及Multiwfn_noGUI.然后执行了以下操作：
将Multiwfn目录下的examples\RESP\目录下的RESP_ORCA.sh拷到Multiwfn目录中，同时把把含有分子结构信息的c.pdb文件复制到Multiwfn中。
已改RESP_ORCA.sh中orca和orca和orca_2mkl的实际路径
已增加了可执行权限后运行下面的命令：
./RESP_ORCA.sh c.pdb 1 0 water
出现下面的问题：Net charge = 1
Spin multiplicity = 0
Solvent is water
./RESP_ORCA.sh: line 58: Multiwfn: command not found
awk: cannot open tmp.xyz (No such file or directory)
rm: cannot remove 'tmp.xyz': No such file or directory
Running optimization task via ORCA...
./RESP_ORCA.sh: line 89: 2563 Bus error (core dumped) $ORCA opt.inp > opt.out
The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated
rm: cannot remove 'opt_*': No such file or directory
查找了很多原因，仍无法解决 重新安装Muliwfn和orca多次。
作者Author: 牧生 时间: 2024-3-11 10:39
本帖最后由 牧生 于 2024-3-11 10:42 编辑
首先，盲猜你这是个简单的有机物，Spin multiplicity大概率不应该是0，其次Net charge应该取决于分子实际所带的电荷。
你有把Multiwfn和orca的路径加入bash吗？看起来你可能没有加入bash哦
如果都加入bash后，不需要做这 “将Multiwfn目录下的examples\RESP\目录下的RESP_ORCA.sh拷到Multiwfn目录中，同时把把含有分子结构信息的c.pdb文件复制到Multiwfn中”
作者Author: wjc404 时间: 2024-3-11 10:40
./RESP_ORCA.sh: line 58: Multiwfn: command not found
把这个脚本第58行的Multiwfn字符串改为Multiwfn程序的实际路径（比如如果在当前目录下，就是./Multiwfn）。
作者Author: sobereva 时间: 2024-3-11 10:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “orca结合Multiwfn计算电荷” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。
./RESP_ORCA.sh: line 58: Multiwfn: command not found提示明显说明Multiwfn命令没法用所致。按下文，把Multiwfn以正确方式装好，自然就能用了
Multiwfn在Linux下安装的中文说明
http://sobereva.com/688（http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1.html）
对于noGUI版，要么把.sh脚本里调用Multiwfn的命令改成Multiwfn_noGUI，要么把Multiwfn程序的可执行文件名改成Multiwfn
作者Author: Caril 时间: 2024-3-11 11:12
好的，麻烦老师了，谢谢老师，我现在重新安装试试
作者Author: Caril 时间: 2024-3-11 16:07
有加入bash的，输入vi ~/.bashrc，将这些都加入进去了的ulimit -s unlimited
export KMP_STACKSIZE=200M
export Multiwfnpath=/home/qkr/software/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI
export PATH=$PATH:/home/qkr/software/Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI
export PATH=/qkr/software/openmpi411/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/qkr/software/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$PATH:/qkr/software/orca504
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/qkr/software/orca504
alias orca='/qkr/software/orca504/orca'
但是仍然报错，并且在任意终端不能进去Multiwfn,只能在当前目录才能进去。本人小白，请多多包涵
作者Author: Caril 时间: 2024-3-11 16:12
尝试了一下，但是58行任然报错
作者Author: Caril 时间: 2024-3-11 17:56
你好，老师，按照您的方法，Multiwfn能执行了，但是仍然出现以下问题
Net charge = 1
Spin multiplicity = 10
Solvent is water
Running optimization task via ORCA...
./RESP_ORCA.sh: line 89: /qkr/software/orca504/orca: No such file or directory
The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated
rm: cannot remove 'opt_*': No such file or directory
路径我是加入到了bash里的，89行的指令是：$ORCA opt.inp > opt.out
作者Author: sobereva 时间: 2024-3-12 08:45
/qkr/software/orca504/orca: No such file or directory
明显路径没弄对
这种事根据报错提示自行解决
作者Author: Caril 时间: 2024-3-12 20:08
好的，谢谢老师
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