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标题: LAMMPS模拟电解液阳离子溶液体系密度大幅度偏离正常值 [打印本页]

作者
Author: Hui_Craig 时间: 2024-3-11 16:04
标题: LAMMPS模拟电解液阳离子溶液体系密度大幅度偏离正常值
各位老师同学们好，我是LAMMPS新手，尝试用lammps模拟电解液阳离子的溶剂化解构。我在计算我的电解液体系时发现做NPT系综平衡时，体系密度远小于实际值。
我的建模和计算方法是这样的：力场采用opls-aa，通过Lipargen生成溶剂分子的pdb和data文件，通过moltemplate把溶剂分子的data文件转换成为lt文件。离子的lt文件和pdb文件通过在线平台生成。然后通过packmol建模得到电解液盒子的pdb文件（此时体系密度为1.06 g/cm3），再通过moltemplate将pdb文件转换成为电解液盒子的data文件。
在minimize能量最小化后，我尝试在nvt系综内1000 K平衡500 ps后，再把在nvt系综从1000 K降温到298 K，再在nvt系综、298 K的条件下平衡500 ps。从输出文件来看，体系能量已经稳定。之后我又进行npt系综、298 K的平衡模拟，发现盒子迅速变大，密度下降至0.65 g/cm3, 且在这个密度下稳定。
附上我的in文件：
#------------------------------------------------------------------------------------------------------
#初始模拟设置
units          real
atom_style full
boundary    p p p

#定义原子间相互作用势
pair_style    lj/cut/coul/cut 15.0
pair_modify mix geometric tail yes
neighbor 2.0 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style opls
improper_style cvff
special_bonds lj/coul 1.0 1.0 0.5
read_data system.data
include       system.in.settings

#定义输出原子（坐标）/ 体系（热力学）信息
thermo 1000
thermo_style custom step temp pe ke etotal dt time lx ly lz density
dump 1 all custom 100 LHCE.xyz id type x y z
timestep 1

#能量最小化
minimize       1.0e-6 1.0e-8 10000 100000

#模拟环境设定并运行
reset_timestep 0
timestep 0.3
fix 1 all nvt temp 1000 1000 100
run 500000
unfix 1

reset_timestep 0
timestep 0.3
fix 2 all nvt temp 1000 298 100
run 500000
unfix 2

reset_timestep 0
timestep 0.3
fix 3 all nvt temp 298 298 100
run 500000
unfix 3

reset_timestep 0
timestep 0.3
fix 4 all npt temp 298 298 100 iso 1 1 100
run 1000000

作者
Author: Qiao-1 时间: 2024-5-9 09:36
您好！我最近也在学习用LAMMPS模拟电解液阳离子的溶剂化结构，请刚开始接触不太了解具体怎么用LAMMPS操作，看到您提问了有关的问题，想请教一下您是怎么学习使用LAMMPS软件模拟溶剂化的呀？是看教材或者相关的视频学习的吗？我目前还没有找到具体关于LAMMPS模拟溶剂化的这些学习资料，如果您有经验的话，方便分享一下吗？谢谢！

作者
Author: mhbs 时间: 2024-6-8 13:28
这个density值代表的就是整个模拟盒子（即你的离子液体和极板组成的体系）的密度吧

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