计算化学公社
标题:
求助，tcl脚本加入重新判断连接关系语句后getbonds仍然不变
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作者Author:
哒哒哒哒w
时间:
2024-3-11 18:51
标题:
求助，tcl脚本加入重新判断连接关系语句后getbonds仍然不变
大家好，我在处理一段分子动力学数据，想使用tcl脚本得到每一帧键的连接情况：
set selnow [atomselect top "name O"]
for {set i 0} {$i <= 50000} {incr i} {
$selnow frame $i
mol bondsrecalc all
topo retypebonds
set bonds [$selnow getbonds]
puts "$i $bonds"
}
复制代码
但输出的结果每一帧的连接情况都相同：
Info) Determining bond structure from distance search ...
Info) Bond count: 113
0 0 0 0 0 7 7 7 7 14 14 14 14 21 21 21 21 28 28 28 28 {7 35} 35 35 35 42 42 42 42 49 49 49 49 56 56 56 56 63 63 63 63 70 70 70 70 77 77 77 77 84 84 84 84 91 91 91 91 98 98 98 98 105 105 105 110 110 110 110 117 117 117 117 124 124 124 124 131 131 131 131 138 138 138 138 145 145 145 145 152 152 152 152 159 159 159 159 166 166 166 166 173 173 173 173 180 180 180 {105 180} 187 187 187 187
Info) Determining bond structure from distance search ...
Info) Bond count: 113
1 0 0 0 0 7 7 7 7 14 14 14 14 21 21 21 21 28 28 28 28 {7 35} 35 35 35 42 42 42 42 49 49 49 49 56 56 56 56 63 63 63 63 70 70 70 70 77 77 77 77 84 84 84 84 91 91 91 91 98 98 98 98 105 105 105 110 110 110 110 117 117 117 117 124 124 124 124 131 131 131 131 138 138 138 138 145 145 145 145 152 152 152 152 159 159 159 159 166 166 166 166 173 173 173 173 180 180 180 {105 180} 187 187 187 187
Info) Determining bond structure from distance search ...
Info) Bond count: 113
2 0 0 0 0 7 7 7 7 14 14 14 14 21 21 21 21 28 28 28 28 {7 35} 35 35 35 42 42 42 42 49 49 49 49 56 56 56 56 63 63 63 63 70 70 70 70 77 77 77 77 84 84 84 84 91 91 91 91 98 98 98 98 105 105 105 110 110 110 110 117 117 117 117 124 124 124 124 131 131 131 131 138 138 138 138 145 145 145 145 152 152 152 152 159 159 159 159 166 166 166 166 173 173 173 173 180 180 180 {105 180} 187 187 187 187
Info) Determining bond structure from distance search ...
Info) Bond count: 113
3 0 0 0 0 7 7 7 7 14 14 14 14 21 21 21 21 28 28 28 28 {7 35} 35 35 35 42 42 42 42 49 49 49 49 56 56 56 56 63 63 63 63 70 70 70 70 77 77 77 77 84 84 84 84 91 91 91 91 98 98 98 98 105 105 105 110 110 110 110 117 117 117 117 124 124 124 124 131 131 131 131 138 138 138 138 145 145 145 145 152 152 152 152 159 159 159 159 166 166 166 166 173 173 173 173 180 180 180 {105 180} 187 187 187 187
Info) Determining bond structure from distance search ...
Info) Bond count: 113
复制代码
我肉眼观察时，dynamic bonds绝对是有变化的，请大家告诉我问题出在哪
谢谢！
作者Author:
sobereva
时间:
2024-3-12 09:25
加上mol reanalyze top试试
作者Author:
哒哒哒哒w
时间:
2024-3-12 10:32
本帖最后由 哒哒哒哒w 于 2024-3-18 14:47 编辑
sobereva 发表于 2024-3-12 09:25
加上mol reanalyze top试试
感谢sob老师！成功解决了
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谢谢！