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标题: 求助MS建立的高分子模型聚丙烯酰胺，GROMACS计算后各个原子都散掉了 [打印本页]

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Author: 凛爵 时间: 2024-3-11 20:49
标题: 求助MS建立的高分子模型聚丙烯酰胺，GROMACS计算后各个原子都散掉了
想请问各位老师，我是用MS建立的高分子模型聚丙烯酰胺，随后使用SOBTOP，来生成top文件，ITP文件的，然后又用multiwfn生成的resp电荷。但是我进行分子动力学的能量最小化之后，跑完各个原子都散掉了哪里都有，请问这是什么原因，我一直没搞懂

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 10:24
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromac高分子聚合物的建立” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 10:26
没具体拓扑文件、模拟结果的截图没人能准确告诉你

99%的可能性是拓扑文件存在硬伤，诸如给sobtop用的结构文件里没正确的成键关系，从而导致sobtop产生分子的拓扑信息中缺少该有的成键项。亦有可能拓扑文件里的原子顺序和结构文件不对应导致参数错乱。此类事情自行检查操作流程、根据gromacs基本知识检查拓扑文件内容判断。并且结合能量极小化算法、任务产生的轨迹，从原理上判断原因。如果不具备这些常识性知识，建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统学一遍。

没有“分子动力学的能量最小化”这种概念。动力学和能量极小化完全是两个不同任务

作者
Author: 凛爵 时间: 2024-3-15 21:12
谢谢老师

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