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标题: 对含金属和配位水分子的蛋白质-小分子体系模拟中途体系崩溃 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-11 21:31
标题: 对含金属和配位水分子的蛋白质-小分子体系模拟中途体系崩溃
对含金属和配位水分子的蛋白质-小分子体系模拟中途体系崩溃，查看生成的pdb文件发现其中一个配位水分子的氢和氧分离了。对体系进行了能量最小化-npt系综平衡-限制性动力学模拟和正式模拟（附件上传了四个阶段的mdp文件），在npt平衡和正式模拟都define =-DPOSRES以此对配位水分子进行限制（附件上传了配位水分子的限制文件），因为按照步骤查询了体系崩溃的原因，但排除不出来，所以考虑到是否和配位水分子有关系，但是一直到正式模拟前都没问题，所以想问一下各位大佬体系崩溃是否和配位水分子有关系？

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 10:52
光上传mdp毫无用处
这种问题都来自于拓扑信息的问题，要么拓扑文件里原子顺序和结构文件不对应，自行反复检查

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-12 11:12

sobereva 发表于 2024-3-12 10:52
光上传mdp毫无用处
这种问题都来自于拓扑信息的问题，要么拓扑文件里原子顺序和结构文件不对应，自行反复 ...

好的谢谢老师，请问老师我模拟的这些步骤合理吗？就是能量最小化-npt系综平衡（这一步主要是想让体系缓慢升温到315.15K）-限制性动力学模拟（这一步是想限制配位水分子的位置）和正式模拟这个顺序？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 11:28

YuniJ 发表于 2024-3-12 11:12
好的谢谢老师，请问老师我模拟的这些步骤合理吗？就是能量最小化-npt系综平衡（这一步主要是想让体系缓慢 ...

不对

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）我讲的这个是正确而且最简单的一般流程：

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作者
Author: YuniJ 时间: 2024-3-12 13:35

sobereva 发表于 2024-3-12 11:28
不对

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）我讲 ...

好嘞！谢谢老师！

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