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标题: 拓扑文件中constraints和bond项有什么区别 [打印本页]
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 10:39
标题: 拓扑文件中constraints和bond项有什么区别
本帖最后由 ccccc123 于 2024-3-12 10:44 编辑

大家好，我在模拟CO2气体分子时使用了卢老师帖子里提供的EPM2模型的itp（CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？ - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)）
过程中有点疑惑
请问constraints type1和 bond tpye1除了分子内部振动的区别，是否还有其他区别？对模拟过程是否有其他影响？
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2024-3-12 10:57
就是刚性和柔性的区别呗，constraints就是键长完全不能改变，按照刚体处理，bond type1就是按照谐振势处理键伸缩
但是CO2是直线分子想要键角不弯曲需要特殊处理
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-12 11:02
constraint可严格约束键长保持不变，看下文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

而bond允许键长在平衡距离附近波动
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 11:08
喵星大佬 发表于 2024-3-12 10:57
就是刚性和柔性的区别呗，constraints就是键长完全不能改变，按照刚体处理，bond type1就是按照谐振势处理 ...

感谢回复
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 11:11
sobereva 发表于 2024-3-12 11:02
constraint可严格约束键长保持不变，看下文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://soberev ...

感谢老师的回复，现在已经理解这两者的区别。另外，对于CO2来说，只能用constraints吗，用bond 加一个很大的力常数不可以吗？这两种方式在模拟中会不会有什么区别或者影响？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-12 11:30
ccccc123 发表于 2024-3-12 11:11
感谢老师的回复，现在已经理解这两者的区别。另外，对于CO2来说，只能用constraints吗，用bond 加一个很 ...

不是不行。但力场原文就是用的constraint，没理由用bond（除非由于某些程序功能的限制而不得已这样）
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2024-3-12 11:34
ccccc123 发表于 2024-3-12 11:11
感谢老师的回复，现在已经理解这两者的区别。另外，对于CO2来说，只能用constraints吗，用bond 加一个很 ...

很大的力常数意味着很高的频率，也就是需要很短的时间步长

而你如果不修改时间步长，就会导致动力学不稳定

Constraints会用特殊算法把体系作为刚体处理，就不存在这样的问题
作者
Author: liululu    时间: 2024-3-12 14:51
您好，想向您请教一下用CO2-EPM2模型，已知它的itp文件（您所贴出帖子里的），如何获得pdb文件？期待您的答复
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 15:12
喵星大佬 发表于 2024-3-12 11:34
很大的力常数意味着很高的频率，也就是需要很短的时间步长

而你如果不修改时间步长，就会导致动力学不 ...

对constraints的使用更理解了，感谢
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 15:13
sobereva 发表于 2024-3-12 11:30
不是不行。但力场原文就是用的constraint，没理由用bond（除非由于某些程序功能的限制而不得已这样）

回去仔细看了力场文献，确实是这样的，感谢卢老师
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 15:14
liululu 发表于 2024-3-12 14:51
您好，想向您请教一下用CO2-EPM2模型，已知它的itp文件（您所贴出帖子里的），如何获得pdb文件？期待您的答 ...

可以试试去ATB下载
作者
Author: liululu    时间: 2024-3-12 16:44
ccccc123 发表于 2024-3-12 15:14
可以试试去ATB下载

去ATB上下载后，根据itp文件更换ATB下载的pdb文件所对应位置参数吗？
用EPM2模型，在进行分子动力学时需要的top文件中引入，采用gromos54A7力场进行分子动力学模拟是可以的吗？
作者
Author: ccccc123    时间: 2024-3-12 16:52
liululu 发表于 2024-3-12 16:44
去ATB上下载后，根据itp文件更换ATB下载的pdb文件所对应位置参数吗？
用EPM2模型，在进行分子动力学时需 ...

你如果只是缺一个pdb结构，直接按照itp里面的原子名和残基名改了不就行了
作者
Author: liululu    时间: 2024-3-12 17:16
ccccc123 发表于 2024-3-12 16:52
你如果只是缺一个pdb结构，直接按照itp里面的原子名和残基名改了不就行了

这样直接改了之后，我可以用gromas54A7力场吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-13 07:28
liululu 发表于 2024-3-12 14:51
您好，想向您请教一下用CO2-EPM2模型，已知它的itp文件（您所贴出帖子里的），如何获得pdb文件？期待您的答 ...

自己用GaussView画一个就完了
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-13 07:29
liululu 发表于 2024-3-12 16:44
去ATB上下载后，根据itp文件更换ATB下载的pdb文件所对应位置参数吗？
用EPM2模型，在进行分子动力学时需 ...

如果没有绝对必要用G54A7，我更推荐结合AMBER/GAFF用
作者
Author: liululu    时间: 2024-3-13 11:36
sobereva 发表于 2024-3-13 07:29
如果没有绝对必要用G54A7，我更推荐结合AMBER/GAFF用

老师，我研究的体系中除了CO2，还有烷烃、环烷烃、芳香烃、沥青质这些物质，查阅文献多采用G54A7力场，所以就用了该力场。要研究热力学性质、扩散系数、径向分布函数，请问老师对于这个体系，有没有更加合适的力场推荐？
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-14 10:14
liululu 发表于 2024-3-13 11:36
老师，我研究的体系中除了CO2，还有烷烃、环烷烃、芳香烃、沥青质这些物质，查阅文献多采用G54A7力场，所 ...

GAFF、OPLS-AA也完全可以
作者
Author: liululu    时间: 2024-3-14 15:10
sobereva 发表于 2024-3-14 10:14
GAFF、OPLS-AA也完全可以

好的，老师，感谢您的解答



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