计算化学公社

标题: 求助：VMD中如何保存设置（save/load visualization） [打印本页]

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-3-12 15:41
标题: 求助：VMD中如何保存设置（save/load visualization）
想请教一下大家，如何实现保存在VMD中对于某一个文件的设置呢？
我了解到或许可以通过File-Save visualization 和Load visualization 来实现，但是过程中遇到一些问题：
首先我在设置好之后点Save visualization保存成了一个.vmd文件，但是点Load visualization发现只是载入了一个盒子框并没有任何原子想请问一下这个的原因是什么呢是不是有什么步骤是我遗漏的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 19:45
可能是原本的文件位置移动了，导致没法重新载入文件。或者load之前做了什么其它操作之类的

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-3-12 20:17

sobereva 发表于 2024-3-12 19:45
可能是原本的文件位置移动了，导致没法重新载入文件。或者load之前做了什么其它操作之类的

有三个问题1.保存的.vmd文件需要和这个结构文件同一个路径吗 2.save之后是不是必须关掉VMD再打开才可以load呢 3.load之前是否需要先重新载入结构文件呢

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-3-12 21:04
感觉好像是文件的问题之前是data文件这样save之后没办法load 但是我尝试了一个pdb文件是可以正常save和load的

作者
Author: 王二葛 时间: 2024-3-13 01:08
打开保存后的 state 文件，读一下里面怎么载入坐标的，就明白了

如果确认 state 文件无法重新载入，要手动改 state 文件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-13 07:31

yyyyya 发表于 2024-3-12 20:17
有三个问题1.保存的.vmd文件需要和这个结构文件同一个路径吗 2.save之后是不是必须关掉VMD再打开才可以lo ...

不需要

自行在.vmd里搜文件名，你就知道里面记录的路径是什么，如果和当前不符必须改成当前实际的

load前最好保持VMD是干净的状态（新启动的VMD）

不需要。载入文件的命令已经体现在.vmd里了

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-3-14 21:05

王二葛发表于 2024-3-13 01:08
打开保存后的 state 文件，读一下里面怎么载入坐标的，就明白了

如果确认 state 文件无法重新载入，要手 ...

想请问一下载入坐标有什么关键词的提示呀我没看出来这个文件中哪个部分是载入坐标的

作者
Author: yyyyya 时间: 2024-3-14 21:18
本帖最后由 yyyyya 于 2024-3-14 21:22 编辑

sobereva 发表于 2024-3-13 07:31
不需要

自行在.vmd里搜文件名，你就知道里面记录的路径是什么，如果和当前不符必须改成当前实际的

明白了但是我已经确认同样的操作对于一个pdb文件是可以正常save和load的但是对于data文件来说不可以还有就是我发现对于这个data文件保存的.vmd文件打开之后搜索文件名是没有带路径的地方的我觉得这可能是data文件导出这个.vmd文件有部分信息缺少的缘故但是因为我对这个不是很了解所以想请教一下缺失的读入分子结构的部分是什么这个图片中mol new后面是不是缺了一些信息呀（因为我发现那个pdb文件的这里后面是有其他信息的）

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