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标题: 如何模拟两个蛋白体系，随后分析它们是否发生相互作用 [打印本页]

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Author: mtpeng 时间: 2024-3-12 17:27
标题: 如何模拟两个蛋白体系，随后分析它们是否发生相互作用
本帖最后由 mtpeng 于 2024-3-12 17:27 编辑

老师们好，我想通过GROMACS对两个蛋白进行分子动力学模拟，随后分析它们是否会发生相互作用（发生结合）。我的想法是在初始时将两蛋白间隔一段距离，随后跟普通蛋白模拟步骤一样进行模拟；之后观看模拟后的轨迹中两蛋白是否靠近，并计算两蛋白整体、叠合整体但只计算单个蛋白(当作配体)的RMSD,最后计算两蛋白的结合自由能。问题：1.这样的模拟方法是否可行，是否需要限制蛋白不让它的构象发生太大改变；2.靠轨迹是否靠近，最后阶段的RMSD是否稳定及结合自由能是否能说明相互作用的问题，还是需要做其他的一些分析。
PS：尝试做过一次模拟，相关结果附上，请大家指正。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-3-12 17:47
可以先用蛋白-蛋白对接预测两个蛋白之间的结合模式，然后再用分子动力学模拟验证结合的稳定性

作者
Author: c00jsw00 时间: 2024-3-12 18:29
1.生物大分子跟小分子模擬的概念完全不同..例如某抗體只要改變CDR上一個小胺基酸會導致在體外活性實驗上完全無法與抗原結合..
2.基於以上的緣由..大概只能從生物實驗數據去找尋模擬的考靠性: ex: uniport 等等..樓上說靠著protein docking 等等方式還是無法..

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-12 19:31
较大的蛋白扩散运动很慢，一开始摆一定距离，可能需要花很长时间才能碰到一起。而且自发调整到理想的朝向又是很长时间尺度的事。效率明显不如2L说的做法

作者
Author: mtpeng 时间: 2024-3-13 20:09
感谢各位老师的解答，我尝试下新方法

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