计算化学公社

标题: 请问为什么在castep分析ELF时，结果有大量条纹干扰？ [打印本页]
作者
Author: SFox    时间: 2024-3-13 09:13
标题: 请问为什么在castep分析ELF时，结果有大量条纹干扰？
本帖最后由 SFox 于 2024-3-13 14:21 编辑

温度是1000K+。使用的是VASP计算一个化学反应过程，提取目标步骤到CASTEP中分析性质。出现了大量类似长条菱形的干扰（噪点？），之前没有遇到过，不知道是哪里的疏漏。下图内容是ELF的等值面图和切面云图
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-13 09:34
该写在帖子内容里的东西不要只写在帖子标题里
图乱七八糟，都看不出来算的什么东西，认真看下文补充描述
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
作者
Author: SFox    时间: 2024-3-13 13:36
本帖最后由 SFox 于 2024-3-13 13:40 编辑
sobereva 发表于 2024-3-13 09:34
该写在帖子内容里的东西不要只写在帖子标题里
图乱七八糟，都看不出来算的什么东西，认真看下文补充描述
...

抱歉sober老师。我使用VASP计算一个高温氯化反应过程，计算完毕后提取某一步文件输入到MS 的CASTEP模块中计算当下的性质，其中ELF的结果出现了大量条纹状的干扰，但是计算结果是收敛的。想请教您一下我可能是哪里出现了问题？已补充了一张相对直观些的切面云图。
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2024-3-13 16:32
本帖最后由 北大-陶豫 于 2024-3-13 16:42 编辑
SFox 发表于 2024-3-13 13:36
抱歉sober老师。我使用VASP计算一个高温氯化反应过程，计算完毕后提取某一步文件输入到MS 的CASTEP模块中 ...

你把 ELFCAR 用 VESTA 打开，也有这种条纹吗？
按照我的经验，条纹的出现一般是 ELFCAR 格点不够密导致的。解决方法就是加密格点，操作流程如下：

首先查看当前的格点数：
  1. grep NGX OUTCAR
复制代码
会看到类似这样的输出：
  1. dimension x,y,z NGX =    48 NGY =  126 NGZ =  168
复制代码
然后将这些数扩大（我个人习惯是乘1.5或者乘2，一般就够用了），作为 INCAR 里的设置：
  1. NGX =    96
  2. NGY =  252
  3. NGZ =  336
复制代码


然后重算一遍 ELF。在运行前可能需要用 ulimit 防止报错（我的经验，不加这两行的话比较容易报错，好像是因为递归层数什么的达到了系统设置的上限，我也没深究过）：
  1. ulimit -s unlimited
  2. ulimit -l unlimited

  4. mpirun -np 36 vasp_std
复制代码







作者
Author: SFox    时间: 2024-3-14 08:29
本帖最后由 SFox 于 2024-3-14 08:31 编辑
北大-陶豫 发表于 2024-3-13 16:32
你把 ELFCAR 用 VESTA 打开，也有这种条纹吗？
按照我的经验，条纹的出现一般是 ELFCAR 格点不够密导致 ...

为了节省计算资源以及避免报错，我是用castep计算的ELF而没有使用VASP直出。感谢陶老师提供的解决办法，我按照这个思路在castep调整一下重新递交任务看看能不能解决问题
作者
Author: sobereva    时间: 2024-3-14 10:27
毫无必要拿到M$里重新算一遍，完全多此一举，自找麻烦
直接用VASP给你的ELF就完了



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