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标题: 求助蛋白质在小分子溶液中的模拟 [打印本页]

作者
Author: HAYASHI 时间: 2024-3-13 15:55
标题: 求助蛋白质在小分子溶液中的模拟
我尝试把一个蛋白放入15%的1，6己二醇水溶液中经行模拟，使用packmol插入了6000个1，6己二醇分子，以及40000个水分子，但是使用pdb2gmx时发生了如下错误，想问问老师应该如何去做模拟
（之前尝试使用insert-molecules先加入二醇后用solvate加水，但用genion使溶液中性时报错：发现没有可替换的溶剂（但总共就带14个电荷），而且一跑就崩溃，应该是原子靠太近了）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-13 18:35
pdb2gmx用法不对
先单独对蛋白质用pdb2gmx产生拓扑文件，然后自己编辑top，把水和其它分子的itp（如sobtop产生的） include进去、在[molecules]里加入其它分子信息使得和packmol创建出的整体的结构文件对应

作者
Author: HAYASHI 时间: 2024-3-13 20:32

sobereva 发表于 2024-3-13 18:35
pdb2gmx用法不对
先单独对蛋白质用pdb2gmx产生拓扑文件，然后自己编辑top，把水和其它分子的itp（如sobtop ...

感谢老师，我topol文件解决了，但是后面建盒子发现分子的坐标并不是对齐（0，0，0），我使用gmx editconf -f solution.pdb -o solution_box.gro -bt cubic -c，但发现后面grompp时分子数和topol文件上对不上，意味着坐标文件里有原子不见了，我怀疑是这些原子刚好到盒子壁上然后检测不到，想问问老师应该怎么建盒子

作者
Author: HAYASHI 时间: 2024-3-13 20:33
这是我的文件

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