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标题: 蛋白蛋白复合物进行gmx_MMPBSA计算自由能，pdb2gmx里应该选择什么力场？ [打印本页]

作者
Author: Allan_Zhang 时间: 2024-3-13 20:00
标题: 蛋白蛋白复合物进行gmx_MMPBSA计算自由能，pdb2gmx里应该选择什么力场？
当运行gromacs的时候，对象是蛋白蛋白复合物，目的是进行gmx_MMPBSA计算自由能，输入gmx pdb2gmx -f md_0_1.tpr -p topol.top -water spce -ignh 命令后应该选择什么力场（目前我选择的是AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)）自我感觉这个力场下比较费时间的。
下面是gromacs pdb2gmx 命令后的所有力场
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-3-13 20:28
不同力场对于不同结构的蛋白都有各自的偏好，常见的做法是Amber力场+TIP3P水模型。
最简单的方法是看相似研究方向上别人用过的力场。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-13 21:08
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs pdb2gmx” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-13 21:11
自己把AMBER14SB的力场包装上去，用 AMBER14SB
你选的太过时

蛋白质的各种全原子力场耗时都一样，"比较费时间" 是你的错觉/误解。除非是跟联合原子力场GROMOS比，但对于跑蛋白质+水类型的体系全原子和联合原子模型的原子数根本差不了多少，耗时差异可以忽略不计。

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