计算化学公社

标题: 求助利用packmol建立氧化石墨烯膜的问题 [打印本页]

作者
Author: sj1422911729 时间: 2024-3-13 21:01
标题: 求助利用packmol建立氧化石墨烯膜的问题
我目前想要构建的体系的是一种GO中间夹层COF的复合膜，并用gromacs跑分子动力学，我想用packmol构建出来下图的这种模型，请问应该怎么限制这些分子的平行和在z轴和y轴之间的间距。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules，明确定义坐标

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并且结合对朝向的控制

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sj1422911729 时间: 2024-3-13 21:25

sobereva 发表于 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules，明确定义坐标

谢谢sob老师我去试一下

作者
Author: sj1422911729 时间: 2024-3-13 22:06

sobereva 发表于 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules，明确定义坐标

问题还是没有解决还是不在一个平面内 sob老师您发的第二个-rot关键词应该怎么用我也是刚刚开始接触gromacs

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-14 09:17

sj1422911729 发表于 2024-3-13 22:06
问题还是没有解决还是不在一个平面内 sob老师您发的第二个-rot关键词应该怎么用我也是刚刚开始接触grom ...

显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的，然后这里用none免得随机旋转

作者
Author: sj1422911729 时间: 2024-3-14 10:36

sobereva 发表于 2024-3-14 09:17
显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的，然后这里用none免得随机旋转

就是首先要保证pdb文件中我的分子都是平行于XY的再用gmx insert-molecules -box XXX -ci go.pdb -o go.gro -ip pos.dat -rot none 设置合理的间距是不是就可以了

作者
Author: sj1422911729 时间: 2024-3-14 12:06

sobereva 发表于 2024-3-14 09:17
显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的，然后这里用none免得随机旋转

谢谢sob老师成功了

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