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标题: 有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，体系能量最小化力这一项不收敛 [打印本页]

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-13 21:27
标题: 有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，体系能量最小化力这一项不收敛
本帖最后由 Treein 于 2024-3-14 20:55 编辑

正在gromacs做有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，顺便看看水在碳纳米管上的取向和分布。
先是基于sobtop构建了碳纳米管和有机小分子的拓扑文件（gaff力场），再用Multiwfn计算了有机小分子的电荷。
先建立一个盒子，把一个碳管和几十个有机小分子放进去，再添加溶剂水，最后由于体系带负电所以加了Na中和电荷。水和离子的相关itp等是从amber99sb里面扣出来的。
最后得到体系的top gro 文件， mdp是基于别人的。
但是在能量最小化时，报错，如下图，力这一项不收敛。同时打开VMD观察输出的gro文件，发现碳管变形，碳之间多了键连关系。
从论坛里查了一下可能的原因，感觉是不是碳纳米管的拓扑就有问题？我仔细看了一下没发现问题在哪里，还请各位老师帮我看一下，谢谢！
后面排除了碳管发现能量最小化可以收敛，，，但具体哪里出问题还不知道。。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-14 09:19
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的由简到繁一点点排查

作者
Author: Treein 时间: 2024-3-14 16:20
本帖最后由 Treein 于 2024-3-15 10:09 编辑

sobereva 发表于 2024-3-14 09:19
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的由简到繁一点点排查

谢谢社长的提醒！我把除了碳纳米管的所有分子放在一起跑了一遍能量最小化并没有出错，所以应该是碳纳米管的问题。碳管的gro和top我都是按照sobtop生成的，初始模型是用Nanotube Modeler生成的pdb，用的默认键长等参数。难道这样里面的参数也会出错吗?
已解决，是生成碳管的模型带有悬挂键而出错

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