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标题: Interface力场超小气体分子的参数(O2/H2/N2) [打印本页]

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Author: 喵星大佬 时间: 2024-3-14 02:38
标题: Interface力场超小气体分子的参数(O2/H2/N2)
本帖最后由喵星大佬于 2024-3-14 11:43 编辑

气体分子以及与液体和固体的界面在生物体、吸附、催化和环境中发挥着关键作用
但是早期力场参数在处理这些基本分子特性时误差非常大
Interface力场开发者Hendrik Heinz课题组开发了用于这些非常小分子的键伸缩谐振势和 Lennard-Jones 势(包含12-6 和 9-6)
(J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 5198)
优化参数时，键长拟合自转动光谱、键伸缩力常数拟合自拉曼峰频率、同时考拟合了液体密度(沸点以下)、汽化焓(沸点时到沸点以上)和水合自由能(298K/1atm)等

氢气有两套参数，原子类型H2为拟合蒸发焓及水合自由能的参数，原子类型H2a为拟合了蒸发焓及液相密度的参数
该力场参数仅包含水(推荐使用SPC)和3种气体分子
3种气体分子对应的pdb文件也同时提供

注1：提供的Gromacs力场参数文件仅包含12-6形式(Gromacs程序不支持9-6形式)，默认设置采用了LB混合规则，原文中提到几何平均的混合规则(规则3)对性质计算影响微乎其微，如与OPLS/GROMOS等力场合用则放心修改
注2：此套参数适合于常温-低温度及常压的模拟状态，与Trappe_small力场的应用范围不同，并且有一定互补性(Trappe_small力场参数适用于高压/超临界状态的模拟)
注3：此套参数中不涉及虚拟点及约束
注4：应该使用1fs的步长及1.2A的vdW截断半径

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Author: 牧生 时间: 2024-3-14 09:03
本帖最后由牧生于 2024-3-14 12:33 编辑

咱正要准备肝掺氢天然气的水合物形成，及时雨就来了。

注2：此套参数适合于常温-低温度及常压的模拟状态

复制代码

不知道10MPa的情况，算不算偏离太远了呢？

马马虎虎跑了一下298K，1bar条件下的氢气密度为0.081952 kg/m^3，也还行。

用2 fs不一定会出问题，但不保证一定不出问题。用1 fs比较保险些。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-3-14 09:29

牧生发表于 2024-3-14 09:03
咱正要准备肝掺氢天然气的水合物形成，及时雨就来了。

不知道10MPa的情况，算不算偏离太远了呢？

文章没有验证高压下的情况，但是其他力场的H2参数更糟，你可可以凑合试试看

当然如果有专用力场的文献那更好，可以发我

作者
Author: 潇潇的kk 时间: 2025-5-15 11:19
您好，我想做gromacs的氢气水合物模拟NVT系综做，默认设置采用了LB混合规则用OPLS做，文献的氢气参数可以用吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-5-15 12:03

潇潇的kk 发表于 2025-5-15 11:19
您好，我想做gromacs的氢气水合物模拟NVT系综做，默认设置采用了LB混合规则用OPLS做，文献的氢气参数可以 ...

opls就不是用的LB混合规则

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